De autismespectrumstoornis gaat vaak samen met een verstandelijke-ontwikkelingsstoornis en een taalstoornis (niet in staat zijn om met toepassing van de juiste grammaticale regels zinnen te begrijpen en samen te stellen). Specifieke leerproblemen (lezen, schrijven en rekenen) komen vaak voor, evenals de coördinatieontwikkelingsstoornis.
Bij een autismespectrumstoornis is vaak sprake van psychiatrische comorbiditeiten. Ongeveer 70% van de mensen met een autismespectrumstoornis heeft één comorbide psychische stoornis, en 40% heeft twee of meer comorbide psychische stoornissen. Vooral angststoornissen, depressieve-stemmingsstoornissen en ADHD komen veelvuldig voor. Een vermijdende/restrictieve voedselinnamestoornis is een frequent aanwezig kenmerk van de autismespectrumstoornis, en er kan sprake zijn van aanhoudende extreme en zeer beperkte voedingsvoorkeuren.
Bij mensen die alleen non-verbaal communiceren of die taaldeficiënties hebben, moeten de waarneembare verschijnselen, zoals veranderingen in slaap- en eetpatronen en een toename in probleemgedrag, aanzetten tot een nader onderzoek naar angst en depressiviteit, evenals de mogelijkheid van pijnklachten of ongemak door niet-gediagnosticeerde somatische of gebitsproblemen. Somatische aandoeningen die vaak bij een autismespectrumstoornis voorkomen zijn onder andere epilepsie en constipatie.
