Normale cognitieve functies Het is lastig normaal cognitief functioneren te onderscheiden van een beperkte NCS, net als een beperkte van een uitgebreide NCS, omdat de grenzen inherent arbitrair zijn. Een zorgvuldige anamnese en objectief onderzoek zijn essentieel voor dit onderscheid. Een longitudinaal onderzoek met gebruikmaking van kwantitatieve instrumenten kan bepalend zijn voor het ontdekken van een beperkte NCS.
Delirium Zowel de uitgebreide als de beperkte NCS kan moeilijk te onderscheiden zijn van een persisterend delirium, dat ook samen met een neurocognitieve stoornis kan optreden. Een zorgvuldig onderzoek van de aandacht en de arousal helpt bij het onderscheid.
Depressieve stoornis Het kan ook lastig zijn om onderscheid te maken tussen een beperkte NCS en de depressieve stoornis, die tevens kan samengaan met een NCS. Zo zijn bijvoorbeeld consistente deficiënties in het geheugen en de executieve functies kenmerkend voor de ziekte van Alzheimer, terwijl niet-specifieke of meer wisselende prestaties bij de depressieve stoornis worden gezien. Het kan nodig zijn eerst de depressieve stoornis te behandelen voordat door herhaaldelijke observatie de classificatie beperkte NCS kan worden toegekend.
Specifieke leerstoornis en andere neurobiologische ontwikkelingsstoornissen Als zorgvuldig wordt gekeken wat het oorspronkelijke niveau van de betrokkene is geweest, kan dat helpen om een NCS te onderscheiden van een specifieke leerstoornis of een andere neurobiologische ontwikkelingsstoornis. Bij de differentiële diagnostiek van specifieke etiologische subtypen kunnen zich bijkomende problemen voordoen, zoals in de betreffende paragrafen wordt beschreven.
