Het beloop van neurocognitieve stoornissen verschilt per subtype, en deze variatie kan helpen bij de differentiële diagnostiek. Sommige subtypen (bijvoorbeeld die gerelateerd zijn aan traumatisch hersenletsel of een beroerte) beginnen meestal op een specifiek moment en blijven stabiel (tenminste nadat de eerste symptomen van ontsteking en zwelling afnemen). Andere kunnen in de loop van de tijd fluctueren (in dat geval moet worden overwogen of er sprake is van een delirium gesuperponeerd op een NCS). Neurocognitieve stoornissen door neurodegeneratieve ziekten als de ziekte van Alzheimer of frontotemporale degeneratie hebben meestal een sluipend begin en een geleidelijke progressie. Het ontstaanspatroon van de cognitieve deficiënties en bijkomende kenmerken kan het onderscheid tussen deze stoornissen vergemakkelijken.
Neurocognitieve stoornissen die in de kindertijd en in de adolescentie beginnen, kunnen ingrijpende gevolgen hebben voor de sociale en intellectuele ontwikkeling, en in deze context kunnen ook de classificaties verstandelijke-ontwikkelingsstoornis (verstandelijke beperking) en/of andere neurobiologische ontwikkelingsstoornissen worden toegekend, om het diagnostische beeld compleet te maken en ervoor te zorgen dat alle noodzakelijke hulpverlening beschikbaar komt. Bij oudere mensen
doet een neurocognitieve stoornis zich vaak voor in de context van een somatische ziekte, een broze conditie en zintuiglijke achteruitgang, waardoor het klinische beeld complexer wordt, en daarmee de classificatie en behandeling.
Bestaat de cognitieve achteruitgang in de periode van de jeugd tot aan de middelbare leeftijd, dan zullen de betrokkenen en hun familie waarschijnlijk hulp zoeken. Neurocognitieve stoornissen zijn meestal gemakkelijker vast te stellen bij jonge mensen, maar in sommige situaties moet rekening worden gehouden met simulatie of een nagebootste stoornis. Later in het leven moet de beperkte neurocognitieve stoornis onderscheiden worden van de minder ernstige beperkingen die samengaan met ‘normale veroudering’. Echter, een aanzienlijk deel van wat als normale veroudering wordt beschouwd, betreft waarschijnlijk prodromale stadia van verschillende neurocognitieve stoornissen. Daarbij wordt met het toenemen van de leeftijd een beperkte neurocognitieve stoornis steeds moeilijker te herkennen, doordat de prevalentie van somatische ziekten en zintuiglijke deficiënties toeneemt. Met het ouder worden wordt het lastiger om onderscheid te maken tussen de subtypen, omdat er verschillende potentiële oorzaken zijn van een neurocognitieve achteruitgang. Heel laat in het leven leiden cognitieve symptomen soms niet tot bezorgdheid, of blijven ze onopgemerkt.