De classificatie narcolepsie type 1 (NT1; dat wil zeggen met kataplexie of hypocretinedeficiëntie) is meestal gebaseerd op de aanwezigheid van terugkerende slaperigheid en kataplexie (aangezien de methode van hypocretinebepaling in de liquor slechts beperkt gebruikt wordt). Kataplexie kan echter ook jaren na het begin van de slaperigheid ontstaan. Daardoor krijgen sommige betrokkenen in eerste instantie de classificatie narcolepsie type 2 (NT2; dat wil zeggen zonder kataplexie en zonder hypocretinedeficiëntie, of met een ongemeten hypocretinegehalte) toegekend, op basis van klachten over slaperigheid en de bevindingen uit een positieve MSLT-bevinding. Pas na het eerste optreden van kataplexie krijgen ze de classificatie NT1 toegekend. Een NT1 die wordt vastgesteld via lage hypocretineconcentraties in de liquor, kan zich manifesteren zonder duidelijk bewijs van de aanwezigheid van kataplexie. Andere verklaringen voor overmatige slaperigheid overdag (bijvoorbeeld slaapgebrek, ploegendiensten, andere slaapstoornissen) en episoden van plotseling verlies van de spiertonus (bijvoorbeeld insulten, valincidenten door een andere oorzaak, de functioneel-neurologisch-symptoomstoornis (conversiestoornis)) moeten worden uitgesloten. NT2 wordt vastgesteld op basis van klachten van chronische slaperigheid en kenmerkende bevindingen uit een polysomnogram van de nachtelijke slaap (bijvoorbeeld een korte remslaaplatentietijd), of uit een MSLT die een korte gemiddelde slaaplatentietijd en twee of meer remslaapperioden tijdens de inslaapfase (SOREMP’s) laat zien.
Beide subtypen kunnen het gevolg zijn van andere neurologische, infectieuze, metabole en genetische aandoeningen. Erfelijke aandoeningen, tumoren en hoofdletsels zijn de meest voorkomende oorzaken van secundaire narcolepsie. In andere gevallen kan de destructie van hypocretineneuronen secundair zijn aan een trauma of een chirurgische ingreep aan de hypothalamus. Een hoofdletsel of infecties van het centrale zenuwstelsel kunnen echter een voorbijgaande verlaging van de hypocretine-1-concentratie in de liquor cerebrospinalis geven zonder verlies van hypocretinecellen, waardoor het moeilijker wordt de diagnose te stellen.
Andere mogelijke oorzaken zijn inflammatoire laesies als gevolg van multiple sclerose of acute gedissemineerde encefalomyelitis (ADEM); vasculaire aandoeningen zoals een beroerte; en encefalitis. Autosomaal dominante cerebellaire ataxie, doofheid en narcolepsie (ADCA-DN-syndroom), is een familiaire degeneratieve aandoening als gevolg van missense-mutaties van het DNA-methyltransferase-1-gen. Kataplexie waarbij een zekere mate van slaperigheid optreedt, kan worden veroorzaakt door andere neurologische aandoeningen, waaronder het syndroom van Prader-Willi, type C van de ziekte van Niemann-Pick, het möbiussyndroom en de ziekte van Norrie. Ook bij de ziekte van Parkinson komt hypocretinedeficiëntie voor. Bij myotone dystrofie en het syndroom van Prader-Willi worden fysiologische processen gemeld die overeenkomen met NT2.
