Pavor nocturnus Zowel bij de nachtmerriestoornis als bij pavor nocturnus zijn er perioden van ontwaken of deels ontwaken met vrees en autonome activering. De twee stoornissen kunnen echter gemakkelijk van elkaar worden onderscheiden. Nachtmerries komen doorgaans later in de nacht voor, tijdens de remslaap, en gaan gepaard met levendige, verhalende dromen met gedetailleerde herinneringen en lichte autonome arousal, en de betrokkene wordt volledig wakker. Pavor nocturnus ontstaat meestal in het eerste derde deel van de nacht tijdens de diepe non-remslaap (specifiek tijdens stadium 3, nu N3 genoemd); er is geen droomherinnering of er zijn slechts losse beelden zonder een uitgebreid verhaal. Men gaat ervan uit dat pavor nocturnus veroorzaakt wordt door een samengaan van gedeeltelijk ontwaken en aanhoudende slaap, dat zich klinisch manifesteert als verwardheid, desoriëntatie en slechts gedeeltelijke responsiviteit; vaak is er ook sprake van een aanzienlijke autonome arousal. De volgende ochtend is er meestal amnesie voor de episode.
Remslaapgedragsstoornis De aanwezigheid van complexe vocale en motorische activiteit tijdens angstaanjagende dromen moet aanleiding zijn om een verder onderzoek te doen naar de remslaapgedragsstoornis. Deze stoornis komt vaker voor bij mannen op late middelbare en oudere leeftijd, maar kan ook bij vrouwen voorkomen. Hoewel nachtmerries kenmerkend zijn voor de remslaapgedragsstoornis, hangt deze stoornis in tegenstelling tot de nachtmerriestoornis samen met het uitvoeren van dromen, wat kan leiden tot nachtelijke verwondingen. Als de nachtmerries voorafgaan aan de remslaapgedragsstoornis en afzonderlijke aandacht rechtvaardigen, kan een aanvullende classificatie nachtmerriestoornis worden toegekend.
Verlies door overlijden (rouw) Nare dromen kunnen optreden tijdens het rouwproces, maar gaan doorgaans over verlies en verdriet en worden bij het ontwaken gevolgd door zelfreflectie en inzicht, niet door psychische nood.
PTSS of acute stressstoornis Nachtmerries waarbij de inhoud of het effect van de droom gerelateerd is aan een traumatiserende gebeurtenis kunnen een onderdeel zijn van PTSS of de acute stressstoornis. Een aanvullende classificatie nachtmerriestoornis kan gerechtvaardigd zijn als de ernst of frequentie van de nachtmerries afzonderlijke aandacht vereist.
Narcolepsie Nachtmerries zijn vaak onderdeel van het klachtenpatroon bij narcolepsie, maar deze stoornis kan door de aanwezigheid van overmatige slaperigheid, met of zonder kataplexie, van de nachtmerriestoornis worden onderscheiden.
Slaapgerelateerde insulten Nachtelijke insulten gaan meestal gepaard met stereotiepe motorische activiteit. De bijkomende nachtmerries, indien herinnerd, hebben ook vaak een herhalend en stereotiep karakter, of wijzen op epileptische kenmerken zoals de inhoud van aura’s overdag, fosfenen (visuele sensaties in de afwezigheid van lichtinput) of ictale voorstellingen.
Ademhalingsgerelateerde slaapstoornissen Bij ademhalingsgerelateerde slaapstoornissen kan het voorkomen dat de betrokkene ontwaakt met autonome arousal, maar gaat het ontwaken niet gepaard met enige herinnering aan nachtmerries.
Paniekstoornis Bij paniekaanvallen die vanuit de slaap ontstaan, kunnen plotselinge ontwaakmomenten met autonome arousal en angst voorkomen, maar er worden doorgaans geen nachtmerries gerapporteerd en de symptomen komen overeen met paniekaanvallen die optreden wanneer de betrokkene wakker is.
Slaapgerelateerde dissociatieve stoornissen Mensen kunnen een daadwerkelijk fysiek of emotioneel trauma als een ‘droom’ ervaren tijdens elektro-encefalografisch vastgelegde ontwaakmomenten.
Gebruik van een middel of medicatie Een groot aantal (genees)middelen kan nachtmerries luxeren, waaronder dopaminerge middelen, β-adrenerge antagonisten en andere antihypertensiva; amfetamineachtige middelen, cocaïne en andere stimulantia; antidepressiva; stoppen-met-rokenmedicatie; en melatonine. Onthouding van remslaap-onderdrukkende medicatie (bijvoorbeeld antidepressiva) en alcohol kan leiden tot een ‘remslaap-rebound’ die gepaard gaat met nachtmerries. Als de nachtmerries zodanig ernstig zijn dat afzonderlijke aandacht gerechtvaardigd is, moet de classificatie slaapstoornis door een middel/medicatie worden overwogen.