De verstandelijke-ontwikkelingsstoornis begint in de ontwikkelingsperiode. De leeftijd en kenmerkende eigenschappen bij het begin van de stoornis hangen af van de etiologie en de ernst van de hersenaandoening. Bij degenen met een ernstiger mate van de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis is er vaak al in de eerste twee levensjaren een vertraging in de motorische, taal- en sociale ontwikkeling, terwijl lichtere gevallen soms pas tijdens de schoolleeftijd aan het licht komen, wanneer duidelijk wordt dat de betrokkene moeite heeft met leren. Aan alle criteria (inclusief criterium C) moet worden voldaan, hetzij in de voorgeschiedenis, hetzij bij het actuele klinische beeld. Sommige kinderen onder de 5 jaar bij wie het klinische beeld uiteindelijk zal voldoen aan de criteria voor een verstandelijke-ontwikkelingsstoornis, hebben aanvankelijk beperkingen die voldoen aan de criteria voor een globale ontwikkelingsachterstand.
Als de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis samenhangt met een genetisch syndroom, kan er sprake zijn van kenmerkende uiterlijke eigenschappen (bijvoorbeeld bij het downsyndroom). Sommige syndromen kennen een gedragsfenotype, dat verwijst naar specifiek gedrag dat kenmerkend is voor een specifieke genetische stoornis (bijvoorbeeld het syndroom van Lesch-Nyhan). Bij verworven vormen kan het begin plotseling volgen op een in de kindertijd doorgemaakte ziekte, zoals meningitis, encefalitis of een hersentrauma. Als de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis het resultaat is van een verlies van eerder verworven cognitieve vaardigheden, zoals het geval is bij een ernstig traumatisch hersenletsel, is het mogelijk om zowel een verstandelijke-ontwikkelingsstoornis als een neurocognitieve stoornis te classificeren.
Hoewel een verstandelijke-ontwikkelingsstoornis in het algemeen niet progressief is, zijn er bij bepaalde genetische stoornissen (bijvoorbeeld het syndroom van Rett) perioden van verslechtering gevolgd door stabilisering, en is er bij andere (zoals het syndroom van Sanfilippo en het downsyndroom) in verschillende mate sprake van een progressieve verslechtering van het verstandelijke functioneren. In sommige gevallen kan de progressieve verslechtering van het verstandelijke functioneren betekenen dat er een overlap is met een neurocognitieve stoornis die in de volwassenheid ontstaat (bijvoorbeeld bij mensen met het downsyndroom, die op volwassen leeftijd een verhoogd risico hebben om een neurocognitieve stoornis door de ziekte van Alzheimer te ontwikkelen). In die situaties worden beide classificaties, dus zowel de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis als de neurocognitieve stoornis, toegekend. De stoornis duurt in het algemeen een leven lang, hoewel de ernst na verloop van tijd kan veranderen. Het beloop kan worden beïnvloed door onderliggende genetische of somatische aandoeningen en gelijktijdig optredende aandoeningen (zoals gehoor- of visusproblemen, epilepsie). Vroege en aanhoudende interventies kunnen het aanpassingsvermogen gedurende de kindertijd en de volwassenheid verbeteren. In sommige gevallen resulteren deze in een significante verbetering van het verstandelijk functioneren, zodanig dat de classificatie verstandelijke-ontwikkelingsstoornis niet langer van toepassing is. Het is daarom gebruikelijk om bij het beoordelen van jonge kinderen de classificatie verstandelijke-ontwikkelingsstoornis uit te stellen tot een geschikte interventie heeft plaatsgevonden. Bij oudere kinderen en volwassenen kan voldoende ondersteuning volledige deelname aan alle dagelijkse activiteiten mogelijk maken en het aanpassingsvermogen verbeteren. Diagnostisch onderzoek moet vaststellen of dit verbeterde aanpassingsvermogen te danken is aan een stabiele, gegeneraliseerde nieuwverworven vaardigheid (waarbij de classificatie verstandelijke-ontwikkelingsstoornis misschien niet langer van toepassing is), of dat de verbetering te maken heeft met de aanwezigheid van ondersteuning en aanhoudende interventies (waarbij de classificatie verstandelijke-ontwikkelingsstoornis misschien nog wel van toepassing is).
