Slaapgerelateerde hypoventilatie komt vaak voor in samenhang met een longaandoening (bijvoorbeeld longfibrose, COPD), bij een neuromusculaire aandoening of een thoraxwandafwijking (bijvoorbeeld musculaire dystrofie, postpoliosyndroom, cervicaal ruggenmergletsel, kyfoscoliose), bij obesitas, of bij het gebruik van medicatie (bijvoorbeeld benzodiazepinen, opioïden). Vooral dit laatste is van belang voor de clinicus. Congenitale centrale alveolaire hypoventilatie komt vaak voor in samenhang met autonome disfunctie en kan optreden bij de ziekte van Hirschsprung. COPD, een aandoening veroorzaakt door obstructie van de lagere luchtwegen die meestal in verband wordt gebracht met het roken van sigaretten, kan leiden tot slaapgerelateerde hypoventilatie en hypoxemie. Een co-existent obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom kan de hypoxemie en hypercapnie verergeren, zowel tijdens de slaap als bij het wakker zijn. De relatie tussen congenitale centrale alveolaire hypoventilatie en idiopathische slaapgerelateerde hypoventilatie is niet duidelijk. Bij sommige mensen kan de idiopathische slaapgerelateerde hypoventilatie een congenitale centrale alveolaire hypoventilatie zijn die laat tot uiting is gekomen.
