Mensen met een slaapgerelateerde hypoventilatie kunnen slaapgerelateerde klachten van insomnia of slaperigheid hebben. Episoden met orthopneu kunnen voorkomen bij mensen met een verzwakt middenrif. Bij het wakker worden kan hoofdpijn optreden. Tijdens de slaap kunnen episoden met oppervlakkige ademhaling worden waargenomen, en soms is er een co-existent obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom of een centrale-slaapapneusyndroom. De consequenties van een respiratoire insufficiëntie, waaronder pulmonale hypertensie, cor pulmonale (rechtszijdig hartfalen), polycytemie en neurocognitieve disfunctie, kunnen aanwezig zijn. Wanneer de respiratoire insufficiëntie toeneemt, komen de afwijkingen van de bloedgaswaarden ook voor tijdens het wakker zijn. Soms zijn er kenmerken aanwezig van de somatische aandoening die de slaapgerelateerde hypoventilatie veroorzaakt. Episoden van hypoventilatie kunnen gerelateerd zijn aan frequente arousals of verhoogde hartslagvariabiliteit. Mensen hebben soms last van overmatige slaperigheid en insomnia of ochtendhoofdpijn, of er zijn bevindingen van neurocognitieve disfunctie of depressiviteit. Hypoventilatie kan afwezig zijn tijdens het wakker zijn.
