De gevolgen van slaapgerelateerde hypoventilatie hangen samen met de effecten van een chronische blootstelling aan hypercapnie en hypoxemie. Deze stoornissen in de arteriële bloedgaswaarden leiden tot vasoconstrictie van het pulmonale vaatstelsel met als gevolg pulmonale hypertensie. Deze secundaire hypertensie kan, indien ernstig van aard, leiden tot rechtszijdig hartfalen (cor pulmonale). Hypoxemie kan leiden tot disfunctie van organen zoals de hersenen, het bloed en het hart, resulterend in cognitieve disfunctie, polycytemie en hartritmestoornissen. Hypercapnie kan de respiratoire stimulus onderdrukken. Dit leidt tot progressief respiratoir falen.
