Insomnia is een veelvoorkomende comorbiditeit bij veel somatische aandoeningen, met inbegrip van maar niet beperkt tot kanker, diabetes, coronaire hartziekte, COPD, artritis, fibromyalgie en andere aandoeningen met chronische pijn, degeneratieve hersenziekten en traumatisch hersenletsel. De risicorelatie lijkt bidirectioneel: insomnia vergroot de kans op veel van deze somatische aandoeningen, en somatische symptomen vergroten de kans op insomnia. De richting van de relatie is niet altijd duidelijk, en deze kan in de loop van de tijd veranderen. Daarom is comorbide insomnia de voorkeursterminologie wanneer de betrokkene naast insomnia ook een somatische aandoening (of een psychische stoornis) heeft. De insomniastoornis kan ook comorbide voorkomen met veel andere slaapstoornissen. Ongeveer één op de zeven mensen met een insomniastoornis heeft matige tot ernstige obstructieve slaapapneu. Naar schatting 50% van de mensen met narcolepsie heeft insomniaklachten.
Mensen met een insomniastoornis hebben vaak een comorbide psychische stoornis, vooral bipolaire- en depressieve-stemmingsstoornissen of angststoornissen. Aanhoudende insomnia is een risicofactor voor of een vroeg symptoom van daaropvolgende bipolaire- of depressieve-stemmingsstoornissen, angststoornissen of stoornissen in het gebruik van een middel. Mensen met insomnia kunnen medicatie of alcohol inzetten om ’s nachts te kunnen slapen, slikken bijvoorbeeld anxiolytica tegen spanning of angst, of nemen cafeïne of andere stimulantia tegen overmatige vermoeidheid overdag. Dit verkeerde gebruik van middelen kan in sommige gevallen de insomnia juist verergeren.