Naast de algemene overwegingen bij de differentiële diagnostiek is het bijzonder belangrijk om ook andere mogelijke oorzaken van een significant laag lichaamsgewicht of een significant gewichtsverlies te overwegen, vooral wanneer de kenmerken van het klinische beeld atypisch zijn (zoals een ziektebegin na de leeftijd van 40 jaar).
Somatische aandoeningen (bijvoorbeeld gastro-intestinale aandoeningen, hyperthyreoïdie, nog niet gediagnosticeerde maligniteiten en aids) Bij somatische aandoeningen kan zich ernstig gewichtsverlies voordoen, maar mensen met deze stoornissen vertonen geen bijkomende verstoring van de manier waarop zij hun lichaamsgewicht of lichaamsvorm ervaren, hebben geen intense vrees voor gewichtstoename en vertonen geen hardnekkig gedrag dat een adequate gewichtstoename verhindert. Na een acuut gewichtsverlies dat samenhangt met een somatische aandoening kan soms het begin of een terugval van anorexia nervosa volgen, en dit kan dan aanvankelijk door de comorbide somatische aandoening worden gemaskeerd. Anorexia nervosa doet zich zelden voor na bariatrische chirurgie.
Depressieve stoornis Bij de depressieve stoornis kan zich een ernstig gewichtsverlies voordoen, maar de meeste mensen met een depressieve stoornis hebben geen wens om veel gewicht kwijt te raken, noch een intense vrees om aan te komen.
Schizofrenie Mensen met schizofrenie kunnen er soms vreemde eetgewoonten op na houden en soms heeft dat een significant gewichtsverlies tot gevolg, maar zij hebben zelden een vrees om aan te komen en missen ook de verstoring van het lichaamsbeeld dat voor de classificatie anorexia nervosa vereist is.
Stoornissen in het gebruik van een middel Mensen met stoornissen in het gebruik van een middel kunnen een laag lichaamsgewicht krijgen als gevolg van hun slechte voedselinname, maar doorgaans hebben zij geen vrees om aan te komen, en ook een stoornis in de lichaamsbeleving ontbreekt gewoonlijk. Mensen die middelen misbruiken die de eetlust verlagen (cocaïne en stimulantia) en die daarnaast onderschrijven dat zij bang zijn om aan te komen, dienen met aandacht te worden onderzocht op een mogelijk comorbide anorexia nervosa, aangezien het middelengebruik kan worden gezien als hardnekkig gedrag dat gewichtstoename verhindert (criterium B).
Sociale-angststoornis, obsessieve-compulsieve stoornis en morfodysfore stoornis Sommige kenmerken van anorexia nervosa overlappen met de criteria voor de sociale-angststoornis, OCS en de morfodysfore stoornis. Vooral kunnen mensen zich vernederd voelen of in verlegenheid gebracht als zij in het openbaar eten, zoals bij een sociale-angststoornis; obsessies en compulsies rondom eten ontwikkelen, zoals bij OCS; of gepreoccupeerd zijn met een vermeende afwijking van hun uiterlijk, zoals bij de morfodysfore stoornis. Wanneer de sociale vrees van de betrokkene met anorexia nervosa zich beperkt tot het eetgedrag, dient de classificatie sociale-angststoornis niet te worden toegekend, maar bij een sociale vrees die niet samenhangt met het eetgedrag (zoals een bovenmatige vrees om in het openbaar te spreken) kan de aanvullende classificatie sociale-angststoornis op haar plaats zijn. Evenzo mag de aanvullende classificatie OCS alleen worden overwogen wanneer de betrokkene obsessies en compulsies vertoont die niet samenhangen met voedsel (zoals een bovenmatige smetvrees) en dient de aanvullende classificatie morfodysfore stoornis alleen te worden overwogen wanneer de morfodysforie niet met de lichaamsvorm of de lichaamsomvang te maken heeft (maar bijvoorbeeld met de grootte van de neus).
Boulimia nervosa Mensen met boulimia nervosa hebben herhaalde episoden met eetbuien, vertonen afwijkend gedrag om gewichtstoename te vermijden (zoals zelf opgewekt braken) en zijn overmatig bezorgd over hun lichaamsvorm en lichaamsgewicht. Anders dan bij anorexia nervosa van het eetbuien-/purgerende type bevindt het lichaamsgewicht van mensen met boulimia nervosa zich op of iets boven het minimaal normale niveau.
Vermijdende/restrictieve voedselinnamestoornis Mensen met deze stoornis vertonen mogelijk een significant gewichtsverlies of hebben een significante voedingsdeficiëntie, maar er is geen sprake van een vrees om aan te komen of dik te worden, en ook niet van een stoornis in hoe zij hun lichaamsvorm en lichaamsgewicht ervaren.
