De bipolaire-II-stoornis gaat vaker wel dan niet vergezeld van een of meer bijkomende psychische stoornissen, waarvan angststoornissen het meest voorkomen. Ongeveer 60% van de mensen met een bipolaire-II-stoornis heeft drie of meer gelijktijdig optredende psychische stoornissen; 75% heeft een angststoornis, waarbij een sociale-angststoornis (38%), specifieke fobie (36%) en gegeneraliseerde-angststoornis (30%) het frequentst voorkomen. De levenslange prevalentie van comorbide angststoornissen is niet verschillend voor bipolaire-I- en bipolaire-II-stoornissen, maar deze comorbiditeit hangt wel samen met een ongunstiger ziektebeloop. Kinderen en adolescenten met een bipolaire-II-stoornis hebben een hoger percentage bijkomende angststoornissen in vergelijking met kinderen en adolescenten met een bipolaire-I-stoornis, en de angststoornis gaat vaak aan de bipolaire stoornis vooraf. Angststoornissen en stoornissen in het gebruik van een middel komen bij mensen met een bipolaire-II-stoornis vaker voor dan bij de algemene bevolking. Opgemerkt dient te worden dat gelijktijdig optredende angststoornissen en stoornissen in het gebruik van een middel geen ziektebeloop hebben dat onafhankelijk is van het beloop van de bipolaire-II-stoornis; zij hangen eerder sterk samen met de stemmingen. Zo gaan angststoornissen veelal met depressieve symptomen gepaard, terwijl stoornissen in het gebruik van een middel matig sterk samenhangen met lichte manische symptomen.
De prevalentie van stoornissen in het gebruik van een middel lijkt vergelijkbaar bij de bipolaire-I- en de bipolaire-II-stoornis, met als meest voorkomende middelen alcohol (42%) en cannabis (20%). Sociaal-culturele factoren beïnvloeden het patroon van comorbide aandoeningen bij de bipolaire-II-stoornis. Landen met een verbod op het gebruik van alcohol of andere middelen kunnen bijvoorbeeld een lagere prevalentie van comorbiditeit met middelengebruik hebben.
Mensen met een bipolaire-II-stoornis hebben minder vaak een comorbide posttraumatische-stressstoornis dan mensen met een bipolaire-I-stoornis.
Ongeveer 14% van de mensen met een bipolaire-II-stoornis heeft minstens eenmaal in hun leven een eetstoornis, waarbij de eetbuienstoornis vaker voorkomt dan boulimia nervosa en anorexia nervosa.
Het premenstrueel syndroom en de premenstruele stemmingsstoornis komen vaak voor bij vrouwen met een bipolaire stoornis, vooral bij vrouwen met een bipolaire-II-stoornis. Bij vrouwen met een premenstrueel syndroom en/of een premenstruele stemmingsstoornis kunnen de bipolaire-stemmingssymptomen en de labiliteit ernstiger zijn.
Mensen met een bipolaire-II-stoornis hebben ook comorbide somatische aandoeningen, die het beloop en de prognose aanzienlijk kunnen compliceren, waaronder hart- en vaatziekten, migraine en auto-immuunziekten.
