Non-conformisme aan de genderrollen Genderdysforie moet worden onderscheiden van het gedrag van iemand die zich alleen maar niet aan de stereotiepe genderrollen conformeert door de sterke wens om van een ander gender dan het toegewezen gender te zijn en door de mate en doordringendheid waarin de betrokkene gendervariante activiteiten onderneemt en gendervariante interesses heeft. De classificatie is niet bedoeld om alleen maar gedrag dat niet overeenkomt met het stereotiepe genderrolgedrag te beschrijven (zoals wildebrassen bij meisjes (‘tomboys’) of ‘meisjesachtig’ gedrag bij jongens, of het incidenteel dragen van dameskleding (crossdressing) bij volwassen mannen). Aangezien mensen meer open zijn over genderdiverse uitingen in het gehele transgenderspectrum, is het belangrijk om de classificatie alleen toe te kennen als de lijdensdruk en de beperkingen van de betrokkenen aan de vastgestelde criteria voldoen.
Transvestiestoornis De classificatie transvestiestoornis wordt toegekend bij heteroseksuele (of biseksuele) adolescente en volwassen mannen (zelden bij vrouwen) voor wie het dragen van dameskleding seksueel opwindend is en tegelijkertijd lijdensdruk en beperkingen veroorzaakt zonder dat zij hun toegewezen gender in twijfel trekken. Soms gaat dit wel met genderdysforie samen. Wanneer iemand met een transvestiestoornis in klinisch significante mate genderdysforie ervaart, kunnen beide classificaties worden toegekend. Bij sommige gevallen van een na de puberteit beginnende genderdysforie bij mensen met het mannelijke geboortegeslacht die zich aangetrokken voelen tot vrouwen, is crossdressing met seksuele opwinding een voorbode voor genderdysforie.
Morfodysfore stoornis Iemand met een morfodysfore stoornis richt zich op het veranderen of verwijderen van een specifiek lichaamsdeel omdat dit als abnormaal gevormd wordt gezien en niet omdat dit de belichaming is van een gender dat door de betrokkene wordt verworpen. Wanneer het beeld dat de betrokkene vertoont voldoet aan de criteria voor zowel genderdysforie als een morfodysfore stoornis, kunnen beide classificaties worden toegekend. Mensen die een gezond ledemaat willen laten amputeren (door sommigen ‘apotemnofilie’ genoemd) omdat dit hen ‘completer’ maakt, willen ook niet van gender veranderen, maar hebben de wens als geamputeerde of gehandicapte te leven.
Autismespectrumstoornis Bij mensen met een autismespectrumstoornis kan het vaststellen van genderdysforie een uitdaging zijn. Het kan lastig zijn om een mogelijk gelijktijdig optredende genderdysforie te onderscheiden van een autistische preoccupatie, omdat mensen met een autismespectrumstoornis doorgaans concrete en rigide denkbeelden hebben over genderrollen en/of weinig inzicht hebben in sociale relaties.
Schizofrenie en andere psychotische stoornissen Bij schizofrenie doen zich een heel enkele keer wanen voor over het tot een ander gender behoren. Wanneer er geen psychosesymptomen zijn, wordt het niet als waan beschouwd dat iemand met genderdysforie volhoudt dat hij of zij van een ander gender is. Schizofrenie (of een andere psychotische stoornis) en genderdysforie kunnen wel gelijktijdig voorkomen. Bij maximaal 20% van de mensen met schizofrenie kunnen waanideeën met een genderthema voorkomen. Deze wanen kunnen meestal worden onderscheiden van genderdysforie door hun bizarre inhoud en doordat ze opkomen en weer verdwijnen tijdens remissies en exacerbaties van psychotische episoden.
Andere klinische beelden Sommige mensen met een wens om ontmannelijkt te worden die een alternatieve niet-mannelijke/niet-vrouwelijke genderidentiteit ontwikkelen, vertonen een klinisch beeld dat voldoet aan de criteria voor genderdysforie. Sommige mannen willen echter om esthetische redenen een genitale operatie ondergaan, of omdat zij verlost willen worden van de psychische effecten van androgenen zonder dat zij hun mannelijke identiteit willen verliezen. In deze gevallen wordt niet aan de criteria voor genderdysforie voldaan.