Temperament Bij kinderen met een begin van de genderdysforie voor de puberteit kan het gendervariante gedrag zich al voor de basisschoolleeftijd ontwikkelen. Onderzoeken wijzen erop dat bij een grotere intensiteit van de gender-non-conformiteit en een oudere leeftijd bij presentatie er meer kans is dat de genderdysforie tot in de adolescentie en de volwassenheid aanhoudt. Een predisponerende factor die momenteel wordt onderzocht, vooral bij mensen met postpuberale genderdysforie (in de adolescentie of volwassenheid) is een voorgeschiedenis van transvestie die zich kan ontwikkelen tot autogynefilie (dat wil zeggen seksuele opwinding die samenhangt met gedachten of inbeelding over zichzelf als vrouw).
Omgeving Mensen met het mannelijke gender die genderdysforie hebben zonder een DSD (in zowel de kindertijd als de adolescentie) hebben in vergelijking met cisgender mannen vaker oudere broers.
Genetica en fysiologie Over mensen met genderdysforie zonder een DSD is geopperd dat er sprake kan zijn van een genetische invloed, op basis van aanwijzingen dat genderdysforie bij niet-tweelingbrussen (zwak) familiair is, aanwijzingen voor een hogere concordantie voor genderdysforie bij eeneiige tweelingen dan bij twee-eiige tweelingen van hetzelfde geslacht, en voor enige mate van erfelijkheid van genderdysforie. Onderzoek wijst erop dat genderdysforie een polygenetische basis heeft, waarbij verschillende genen en polymorfismen interacteren die de seksuele differentiatie van de hersenen in de baarmoeder kunnen beïnvloeden. Dit draagt bij aan genderdysforie bij mensen met het mannelijke geboortegeslacht.
Wat betreft de endocriene factoren bij genderdysforie zijn er geen systemische endogene afwijkingen gevonden in de geslachtshormoonspiegels bij mensen met 46,XY. Er zijn echter wel verhoogde androgeenspiegels aangetroffen bij mensen met 46,XX (vergelijkbaar met een niveau dat wordt aangetroffen bij vrouwen met hirsutisme, maar veel lager dan wat voor mannen een normaal niveau is). Over het geheel genomen is er onvoldoende bewijs om genderdysforie zonder een DSD te bestempelen als een vorm van interseksualiteit die zich beperkt tot het centrale zenuwstelsel.
Wanneer bij genderdysforie wel sprake is van een DSD, is de kans op het later ontstaan van genderdysforie hoger wanneer de prenatale productie en opname van androgenen (door middel van de receptorgevoeligheid) sterk varieert ten opzichte van wat bij mensen met hetzelfde toegewezen gender doorgaans wordt aangetroffen. Voorbeelden hiervan zijn mensen met 46,XY met een voorgeschiedenis van een normaal mannelijk prenataal hormoonmilieu, maar met aangeboren niet-hormonale genitale afwijkingen (zoals cloacale extrofie van de blaas of agenesie van de penis) en het bij de geboorte toegewezen vrouwelijke gender. De kans om genderdysforie te ontwikkelen wordt groter wanneer de betrokkene daarnaast postnataal langdurig is blootgesteld aan een hoge mate van gendervariante androgenen waarbij somatische virilisatie optreedt, zoals kan gebeuren bij niet-gecastreerde mensen met 46,XY die als meisje zijn opgegroeid, met een 5-alfareductase-2-deficiëntie of een 17-bèta-hydroxysteroïde dehydrogenase-3-deficiëntie of bij als meisje opgegroeide mensen met 46,XX die een klassieke congenitale bijnierhyperplasie hebben met langdurige perioden waarin een substitutietherapie met glucocorticoïden niet is opgevolgd. Het prenatale androgeenmilieu is echter meer van invloed op gendergedrag dan op de genderidentiteit. Veel mensen met een DSD en uitgesproken gendervariant gedrag ontwikkelen geen genderdysforie. Daarom moet gender-nonconformerend gedrag op zichzelf niet worden opgevat als indicatie van een actuele of toekomstige genderdysforie. Genderdysforie en door de patiënt geïnitieerde genderaanpassing komen bij mensen die prenataal zijn blootgesteld aan een volledig scala aan masculiniserende hormonale invloeden vaker voor wanneer zij het vrouwelijke geboortegeslacht hebben en man worden, dan wanneer zij het mannelijke geboortegeslacht hebben en vrouw worden.
