Klinisch verwezen kinderen met genderdysforie vertonen meer angststoornissen, disruptieve stoornissen, stoornissen in de impulsbeheersing en depressieve-stemmingsstoornissen. Bij klinisch verwezen adolescenten en volwassenen met genderdysforie komt vaker een autismespectrumstoornis voor dan in de algemene bevolking. Bij klinisch verwezen adolescenten en volwassenen met genderdysforie komen vaker gerelateerde psychische stoornissen voor; meestal zijn dit angst- en depressieve-stemmingsstoornissen. Mensen die pesterijen en geweld hebben ervaren, kunnen bovendien een posttraumatische-stressstoornis ontwikkelen.