Omdat de uiting van genderdysforie per leeftijd verschilt, zijn er aparte criteria voor kinderen en voor adolescenten en volwassenen. De criteria voor kinderen zijn concreter en meer op het gedrag gericht dan de criteria voor adolescenten en volwassenen. Jonge kinderen uiten zich minder vaak over een extreme en aanhoudende onvrede over hun geslachtskenmerken dan oudere kinderen, adolescenten en volwassenen. Bij adolescenten en volwassenen is de incongruentie tussen het ervaren gender en het toegewezen gender een hoofdkenmerk van de classificatie. Per leeftijd zijn er ook verschillen in lijdensdruk en beperkingen. Het kan zijn dat een heel jong kind alleen verschijnselen van onwelbevinden vertoont (bijvoorbeeld erg huilen) wanneer het van de ouders hoort dat hij of zij ‘eigenlijk’ niet bij een ander gender hoort, maar dit alleen maar graag ‘wil’. Het kan ook zijn dat de lijdensdruk niet tot uiting komt in een sociale omgeving waarin ruimte is voor de gender-non-conformiteit, en alleen naar boven komt wanneer de ouders of de sociale omgeving zich bemoeien met de gendervariantie van het kind. Bij adolescenten en volwassenen kan er sprake zijn van lijdensdruk door een sterke incongruentie tussen het ervaren gender en het geboortegeslacht. Deze psychische nood kan echter worden verzacht door een ondersteunende omgeving en de wetenschap dat er biomedische behandelingen bestaan die de incongruentie kunnen doen afnemen. Genderdysforie kan gepaard gaan met problemen (zoals schoolweigering, het ontstaan van depressiviteit, angst, problemen met leeftijdgenoten, gedragsproblemen en middelenmisbruik).
Genderdysforie zonder een stoornis/variatie in de geslachtsontwikkeling Bij kinderen die in Canada en Nederland naar een gespecialiseerde polikliniek zijn verwezen, is het gender-non-conformerende gedrag doorgaans tussen de leeftijd van 2 en 4 jaar begonnen. Dit komt overeen met de ontwikkelingsperiode waarin de meeste kinderen voor het eerst gedrag en interesses vertonen die met gender samenhangen. Bij sommige peuters is zowel sprake van duidelijk waarneembaar, aanhoudend, atypisch gendergedrag als van een uitgesproken wens om van een ander gender te zijn; ook kan het voorkomen dat een kind zichzelf expliciet bestempelt als van een ander gender. In andere gevallen uit het kind zich pas later als van een ander gender, meestal wanneer het naar de basisschool gaat. Kinderen kunnen soms zeggen dat zij zich ongemakkelijk voelen met hun geslachtskenmerken, of dat ze geslachtskenmerken willen hebben die overeenkomen met hun ervaren gender (‘anatomische dysforie’). De uitingen over anatomische dysforie komen steeds vaker voor naarmate kinderen met genderdysforie dichter bij de puberteit komen en hierop vooruitlopen.
Er bestaan geen onderzoeken onder de algemene bevolking naar de uitkomsten op adolescente of volwassen leeftijd van gendervariantie bij kinderen. Sommige prepuberale kinderen die de wens uiten om van een ander gender te zijn, zullen wanneer ze de puberteit bereiken niet op zoek gaan naar een geslachtsaanpassende somatische behandeling. In de adolescentie en de jongvolwassenheid rapporteren ze vaak een niet-heteroseksuele oriëntatie en duidelijk gender-non-conformerend gedrag, maar niet noodzakelijkerwijs een transgenderidentiteit. Sommige kinderen met genderdysforie die in de adolescentie verdwijnt, kunnen op volwassen leeftijd een terugkeer ervaren. Bij 2 tot 39% van de mensen met het mannelijke geboortegeslacht in onderzoeken in Noord-Amerika en Nederland bleek de aandoening te persisteren. Bij mensen met het vrouwelijke geboortegeslacht varieerde de persistentie van 12 tot 50%. Er is een bescheiden correlatie tussen de persistentie van genderdysforie en de dimensionale mate van ernst die in de kindertijd is vastgesteld. Een sociale transitie op jonge leeftijd kan ook een factor zijn in de persistentie van genderdysforie in de adolescentie.
Uit verschillende onderzoeken blijkt dat de meeste betrokkenen zich seksueel aangetrokken voelen tot mensen met hetzelfde geboortegeslacht, ongeacht het traject dat het prepuberale kind met genderdysforie doorlopen heeft. De meeste mensen bij wie de genderdysforie persisteert tot in de adolescentie en daarna, identificeren zichzelf als heteroseksueel. Een meerderheid van degenen die tegen de tijd dat de adolescentie begint geen genderdysforie meer hebben, identificeert zichzelf als homoseksueel, lesbisch of biseksueel.
Er zijn twee brede trajecten beschreven voor de ontwikkeling van genderdysforie bij mensen die zich identificeren als man of vrouw: het prepuberale en het (post)-puberale traject.
In tegenstelling tot gender-non-conformerende kinderen hebben kinderen met prepuberale genderdysforie symptomen die voldoen aan de classificatiecriteria voor genderdysforie bij kinderen. De dysforie kan persisteren tot in de adolescentie en de volwassenheid, maar sommige betrokkenen maken een periode door waarin de genderdysforie verdwijnt of wordt ontkend. In zo’n periode identificeren sommigen zichzelf als homoseksueel of lesbisch, anderen als heteroseksueel of cisgender. Het is echter mogelijk dat sommige van deze betrokkenen later in het leven een terugkeer van de genderdysforie ervaren. Ongeacht of de genderdysforie van een betrokkene op latere leeftijd aanhoudt of verdwijnt, kan het begin van de puberteit of het besef dat de puberteit binnenkort zal beginnen — waarbij zich secundaire geslachtskenmerken zullen ontwikkelen — verontrustende gevoelens van genderincongruentie veroorzaken die de genderdysforie van de betrokkene kunnen verergeren. De groep betrokkenen met een vroege/prepuberale aanvang meldt zich vaak voor klinische, geslachtsaanpassende behandeling in de kindertijd, de adolescentie of de jongvolwassenheid. Dit kan duiden op een intensere vorm van genderdysforie in vergelijking met mensen met een laat of (post)puberaal begin van de genderdysforie, bij wie de lijdensdruk gevarieerder en minder intens kan zijn.
Genderdysforie met een laat of (post)puberaal begin treedt op rond de puberteit of zelfs nog veel later in het leven. Sommige van deze betrokkenen rapporteren dat ze in hun kindertijd van een ander geslacht wilden zijn, maar dat ze dat niet verbaal geuit hebben naar anderen. Anderen vertoonden in de kindertijd gender-nonconformerend gedrag dat niet volledig voldeed aan de criteria voor genderdysforie bij kinderen. Weer anderen herinneren zich uit hun kindertijd geen signalen van genderdysforie. Ouders van kinderen met genderdysforie die in of na de puberteit is begonnen, vertellen vaak dat ze verbaasd waren over de diagnose, omdat ze eerder geen signalen van genderdysforie bij hun kind hadden opgemerkt.
Genderdysforie samenhangend met een stoornis/variatie in de geslachtsontwikkeling Mensen met een DSD bij wie een vroege medische interventie of een beslissing over geslachtstoewijzing nodig is, komen op jonge leeftijd onder de medische aandacht. Afhankelijk van de aandoening kan de gonadectomie al voor de puberteit plaatsvinden (vaak vanwege het risico op toekomstige maligniteiten), en in dit geval maakt toediening van exogene hormonen deel uit van de standaardbehandeling om de puberteit op te wekken. Onvruchtbaarheid komt vaak voor, hetzij als gevolg van de aandoening zelf, hetzij als gevolg van de gonadectomie. De genitale chirurgie kan al in de kleutertijd of kindertijd zijn uitgevoerd, met als doel om het toegewezen gender te bevestigen bij zowel het betrokken kind als diens verzorgers.
Vanaf de vroege kindertijd kunnen de betrokkenen gender-non-conformerend gedrag vertonen, op een voorspelbare manier die afhangt van het specifieke DSD-syndroom en de geslachtstoewijzing. In vergelijking met minderjarigen zonder een DSD ondervinden minderjarigen met een DSD traditioneel minder barrières als het gaat om ondersteuning van hun sociale en medische gendertransitie. Als mensen met bepaalde DSD-syndromen zich bewust worden van hun aandoening en medische voorgeschiedenis, ervaren velen onzekerheid over hun gender in plaats van dat zij er vast van overtuigd raken dat zij van een ander gender zijn. Afhankelijk van het specifieke syndroom en welk gender toegewezen is, varieert het percentage mensen dat genderdysforie ontwikkelt en vervolgens kiest voor een gendertransitie aanzienlijk.