Gender-non-conformiteit kan op elke leeftijd voorkomen na de eerste twee of drie jaren van de kindertijd, en kan invloed hebben op de dagelijkse activiteiten. Bij oudere kinderen kan gender-non-conformiteit invloed hebben op de relaties met leeftijdgenoten, leiden tot een isolement en lijdensdruk veroorzaken. Veel kinderen worden geplaagd of gepest, of ervaren dat er druk op hen wordt uitgeoefend om zich te kleden volgens hun geboortegeslacht, vooral wanneer ze opgroeien in een omgeving waarin ze niet gesteund en geaccepteerd worden. Ook bij adolescenten en volwassenen heeft het leed dat voortvloeit uit genderincongruentie vaak invloed op de dagelijkse activiteiten. Zij hebben vaak moeite met relaties, waaronder seksuele-relatieproblemen, en er zijn mogelijk beperkingen in het functioneren op school of op het werk. Iemand met genderdysforie krijgt vaak te maken met een hoge mate van stigmatiseren, discrimineren en victimisatie, waardoor een negatief zelfbeeld ontstaat, er meer kans bestaat op gelijktijdig optreden van depressiviteit, suïcidaliteit en andere psychische problemen, schoolverlaten en economische marginalisering, onder andere door werkloosheid, met alle bijkomende sociale en psychische gezondheidsrisico’s van dien; dit geldt vooral voor mensen die geen steun ervaren in hun gezin of sociale omgeving. Bovendien kan de toegankelijkheid tot de (geestelijke) gezondheidszorg door structurele barrières worden bemoeilijkt omdat personeel in instellingen zich ongemakkelijk voelt bij, niet voldoende ervaring heeft met, of vijandig omgaat met deze patiëntenpopulatie.
