Mensen met genderdysforie ervaren een uitgesproken incongruentie tussen het gender dat hun is toegewezen (meestal gebaseerd op het fenotypische geslacht bij de geboorte) en hun ervaren/geuite gender. Deze discrepantie vormt de kern van de classificatie. Daarnaast moeten er aanwijzingen zijn dat de betrokkene onder deze incongruentie lijdt. Ervaren gender kan ook andere genderidentiteiten omvatten dan de stereotiepe binaire genderidentiteiten. Bijgevolg kan lijdensdruk niet alleen betrekking hebben op de ervaring dat iemand van een ander gender is dan dat bij de geboorte is toegewezen, maar ook op de ervaring dat iemand van een tussenliggend of alternatief gender is dat verschilt van het geboortegeslacht. Genderdysforie komt per leeftijdsgroep verschillend tot uiting. De volgende voorbeelden kunnen bij kinderen die zijn opgegroeid in een omgeving waarin minder sprake is van genderstereotypering minder op de voorgrond treden.
Prepuberale kinderen met genderdysforie die bij de geboorte het vrouwelijke gender toegewezen hebben gekregen, kunnen een duidelijk, aanhoudend gevoel hebben, of ervan overtuigd zijn, dat ze een jongen zijn, hun afkeer uiten van het idee een meisje te zijn, of verklaren dat zij als ze later groot zijn een man zullen worden. Ze hebben vaak een voorkeur voor jongenskleding en een jongenskapsel, en worden door vreemden vaak voor een jongen aangezien; ze willen soms met een jongensnaam worden aangesproken. Zij vertonen soms heftige negatieve reacties op de pogingen van hun ouders om ze een jurk of andere meisjeskleding te laten dragen. Sommigen weigeren naar school of sociale gelegenheden te gaan waar deze kleding verplicht is. Deze kinderen kunnen een uitgesproken non-conformisme vertonen bij rollenspelen, dromen, gendertypische voorkeuren voor spellen en speelgoed, manieren van doen, fantasieën en voorkeuren voor vriendjes of vriendinnetjes. Meestal hebben zij een sterke voorkeur voor contactsporten, wilde spelletjes, en traditionele jongensspelletjes, en spelen zij het liefst met jongens. Ze hebben vrijwel geen interesse in stereotiep meisjesspeelgoed (zoals poppen) of stereotiepe meisjesactiviteiten (zoals zich optutten en verkleden, of rollenspelen). Soms komt het voor dat zij weigeren zittend te plassen. Sommigen uiten de wens om een penis te hebben of beweren dat zij een penis hebben of er een zullen krijgen als ze groot zijn. Ook zeggen ze bijvoorbeeld dat zij geen borsten willen krijgen en nooit ongesteld willen worden.
Prepuberale kinderen met genderdysforie die het mannelijke geboortegeslacht hebben, kunnen een duidelijk, aanhoudend gevoel hebben, of ervan overtuigd zijn, dat ze een meisje zijn, hun afkeer uiten van het idee een jongen te zijn, of verklaren dat zij als ze later groot zijn een vrouw zullen worden. Ze hebben vaak een sterke voorkeur voor meisjes- of dameskleding, of maken bijvoorbeeld van beschikbare materialen (zoals een handdoek, keukenschort of sjaal) lang haar of een rok. Deze kinderen kunnen een duidelijk non-conformisme vertonen in gendertypische voorkeuren voor spel en speelgoed, stijlen, manieren van doen en voorkeuren voor vriendjes/vriendinnetjes. In rollenspelen kunnen ze een voorkeur hebben om vrouwelijke figuren uit te beelden (‘moedertje spelen’) en kunnen ze uitermate geïnteresseerd zijn in vrouwelijke fantasiefiguren. Er kan een voorkeur zijn voor meisjesactiviteiten en stereotiepe meisjesspelletjes en vrijetijdsbestedingen (zoals ‘vadertje en moedertje spelen’; het maken van meisjestekeningen, op tv of in video’s naar favoriete vrouwelijke personages kijken). Ze kunnen stereotiepe vrouwachtige poppen (zoals barbies) als lievelingsspeelgoed hebben, en meisjes zijn doorgaans hun favoriete speelkameraadjes. Zij vermijden ruwe spelletjes en zijn vrijwel niet geïnteresseerd in stereotiep jongensspeelgoed (zoals auto’s of vrachtwagens). Ze kunnen aangeven dat hun penis en/of testes walgelijk zijn en dat ze die weg willen hebben, of dat ze een vagina hebben of liever een vagina zouden willen hebben.
Steeds vaker melden ouders zich pas bij een gespecialiseerde kliniek nadat hun kind met genderdysforie al een sociale transitie heeft doorgemaakt. Aangezien het begin van de puberteit voor kinderen met het vrouwelijke geboortegeslacht ergens tussen de leeftijd van 9 en 13 jaar ligt, en bij kinderen met het mannelijke geboortegeslacht tussen de leeftijd van 11 en 14 jaar, kunnen de klachten en zorgen zich in de ontwikkelingsfase ergens tussen de kindertijd en de adolescentie manifesteren. Aangezien de secundaire geslachtskenmerken bij jongere adolescenten nog niet volledig ontwikkeld zijn, spreken zij hier mogelijk niet hun afkeer over uit, maar kunnen ze duidelijk lijdensdruk ervaren door de op handen zijnde lichamelijke veranderingen.
Bij adolescenten en volwassenen met genderdysforie gaat de discrepantie tussen het ervaren gender en de lichamelijke geslachtskenmerken vaak, maar niet altijd, gepaard met de wens om van de primaire en/of secundaire geslachtskenmerken af te komen, en/of met een sterke wens om enkele primaire en/of secundaire geslachtskenmerken van een ander gender te krijgen. In uiteenlopende mate nemen oudere adolescenten en volwassenen met genderdysforie het gedrag, de kleding en de manieren van doen van hun ervaren gender aan. Zij voelen zich ongemakkelijk wanneer zij door anderen worden gezien als iemand van hun toegewezen gender, of wanneer zij in de maatschappij als zodanig moeten functioneren. Sommige volwassenen en adolescenten kunnen een sterke wens hebben om van een ander gender te zijn en om zo te worden bejegend, en kunnen een innerlijke zekerheid hebben dat zij zich voelen en reageren als hun ervaren gender, zonder dat zij een medische behandeling aangaan om hun lichamelijke kenmerken te veranderen. Zij kunnen andere manieren vinden om met de incongruentie tussen het ervaren en geuite gender versus het toegewezen gender om te gaan, door deels volgens de gewenste rol te leven, of door een genderrol aan te nemen die niet conventioneel mannelijk is maar ook niet conventioneel vrouwelijk.
