De verschillende soorten specifieke leerstoornis gaan vaak met elkaar samen (bijvoorbeeld een specifieke leerstoornis met beperkingen in het rekenen en met beperkingen in het lezen) en ook met andere neurobiologische ontwikkelingsstoornissen (zoals ADHD, communicatiestoornissen, de coördinatieontwikkelingsstoornis, de autismespectrumstoornis) of andere psychische stoornissen (zoals angststoornissen en depressieve-stemmingsstoornissen) of met gedragsproblemen. Het is opvallend dat de comorbiditeit van de moeilijkheden met rekenen en lezen afhankelijk is van de tests die worden gebruikt om de rekenproblemen te definiëren, mogelijk omdat hetzelfde symptoom (rekenproblemen) met verschillende andere cognitieve deficiënties kan samenhangen (bijvoorbeeld met een deficiëntie in de taalvaardigheid of in de getalverwerking). Deze vormen van comorbiditeit sluiten de classificatie specifieke leerstoornis niet noodzakelijkerwijs uit, maar kunnen het testen en de differentiële diagnostiek bemoeilijken, omdat elk van de gelijktijdig voorkomende stoornissen op zichzelf het uitvoeren van algemene dagelijkse levensverrichtingen belemmert, waaronder leren. Een klinisch onderzoek is dus nodig om een dergelijke beperking te kunnen toeschrijven aan leermoeilijkheden. Als er aanwijzingen zijn dat een andere classificatie de moeilijkheden met het leren van elementaire schoolse vaardigheden, zoals beschreven in criterium A, kan verklaren, dan moet de classificatie specifieke leerstoornis niet worden toegekend.
