Normale variaties in de verwerving van schoolse vaardigheden De specifieke leerstoornis wordt onderscheiden van normale variaties in de verwerving van schoolse vaardigheden die zijn toe te schrijven aan externe factoren (zoals een gebrek aan onderwijsmogelijkheden, structureel slecht onderwijs, het leren van een tweede taal), doordat de leermoeilijkheden aanhouden terwijl er sprake is van goede onderwijsmogelijkheden en blootstelling aan hetzelfde onderricht als leeftijdgenoten, en de betrokkene de taal waarin het onderricht plaatsvindt goed beheerst, zelfs als het om een andere taal gaat dan de primair gesproken taal.
Verstandelijke-ontwikkelingsstoornis (verstandelijke beperking) De specifieke leerstoornis verschilt van de algemene leermoeilijkheden die met de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis gepaard gaan doordat de leermoeilijkheden zich voordoen terwijl de betrokkene op andere vlakken normaal intellectueel functioneert (een IQ heeft van minstens 70 ± 5). Als er sprake is van een verstandelijke-ontwikkelingsstoornis, kan de classificatie specifieke leerstoornis alleen worden toegekend als de leermoeilijkheden ernstiger zijn dan de leermoeilijkheden die gewoonlijk met de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis samenhangen.
Leermoeilijkheden door neurologische of zintuiglijke stoornissen De specifieke leerstoornis wordt onderscheiden van leermoeilijkheden door neurologische of zintuiglijke stoornissen (zoals een beroerte in de kindertijd, een gehoorstoornis, een visusstoornis) doordat er in deze gevallen sprake is van abnormale bevindingen bij neurologisch onderzoek.
Neurocognitieve stoornissen De specifieke leerstoornis wordt onderscheiden van leerproblemen die samenhangen met neurodegeneratieve cognitieve stoornissen, doordat het klinische beeld van specifieke leermoeilijkheden bij de specifieke leerstoornis zich gedurende de kindertijd voordoet; dit wordt soms pas duidelijk als de leereisen zijn toegenomen en de beperkte capaciteiten van de persoon te boven gaan (zoals dat ook op volwassen leeftijd kan gebeuren) en de moeilijkheden zich niet manifesteren als een opvallende achteruitgang ten opzichte van een eerdere toestand.
Aandachtsdeficiëntie-/hyperactiviteitsstoornis De specifieke leerstoornis wordt onderscheiden van de slechte schoolresultaten die samenhangen met ADHD doordat de problemen bij de laatste aandoening niet noodzakelijkerwijs moeilijkheden met het leren van elementaire schoolse vaardigheden weerspiegelen, maar vaker moeilijkheden betreffen met het uitvoeren van die vaardigheden. De specifieke leerstoornis gaat echter vaker samen met ADHD dan op grond van het toeval verwacht mag worden. Als aan de criteria voor beide stoornissen wordt voldaan, kunnen beide classificaties worden toegekend.
Psychotische stoornissen De specifieke leerstoornis wordt onderscheiden van de moeilijkheden met elementaire schoolse vaardigheden en cognitieve verwerkingsprocessen die samenhangen met schizofrenie of overige psychotische stoornissen doordat er bij deze stoornissen sprake is van een (vaak snelle) achteruitgang op deze functionele gebieden. De deficiënties in de leesvaardigheid zijn echter ernstiger bij een specifieke leerstoornis dan wat op grond van de algemene cognitieve beperkingen die met schizofrenie gepaard gaan zou worden voorspeld. Als aan de criteria voor beide stoornissen wordt voldaan, kunnen beide classificaties worden toegekend.