Bij kinderen is de separatieangststoornis in hoge mate comorbide met de gegeneraliseerde-angststoornis en de specifieke fobie. Veelvoorkomende comorbide stoornissen bij volwassenen zijn de specifieke fobie, PTSS, de paniekstoornis, de gegeneraliseerde-angststoornis, de sociale-angststoornis, agorafobie, de obsessieve-compulsieve stoornis, de persisterende-rouwstoornis en persoonlijkheidsstoornissen. Van de persoonlijkheidsstoornissen kunnen de afhankelijke-, vermijdende- en dwangmatige-persoonlijkheidsstoornis (cluster C) comorbide bij de separatieangststoornis voorkomen. Ook depressieve- en bipolaire-stemmingsstoornissen komen comorbide voor bij de separatieangststoornis bij volwassenen.