De 6- tot 12-maandsprevalentie van de separatieangststoornis wordt voor kinderen geschat op ongeveer 4%. In een steekproef uit de algemene bevolking onder peuters bleek de separatieangststoornis even vaak voor te komen bij meisjes als bij jongens; voor meisjes in de schoolleeftijd bleek de prevalentie echter hoger te zijn dan voor jongens van die leeftijd. Voor adolescenten in de Verenigde Staten bedraagt de 12-maandsprevalentie 1,6%. De prevalentie van de separatieangststoornis is het hoogst tijdens de kinderjaren, neemt af tijdens de adolescentie en bereikt het laagste niveau op volwassen leeftijd.
In klinische steekproeven komt de stoornis even vaak bij jongens als bij meisjes voor, in tegenstelling tot in steekproeven onder de algemene bevolking, waarin de stoornis vaker bij meisjes optreedt. Rapportages van de kinderen leveren over het algemeen hogere percentages separatieangststoornis op dan rapportages van de ouders over de symptomen van het kind.
In de Verenigde Staten varieert de 12-maandsprevalentie van de separatieangststoornis voor volwassenen van 0,9 tot 1,9%. Onder volwassenen met een separatieangststoornis is de prevalentie voor vrouwen doorgaans hoger, zowel in klinische onderzoeken als in onderzoeken onder de algemene bevolking. Gezien over achttien landen is de gemiddelde 12-maandsprevalentie bij volwassenen 1,0%, met een spreiding van <0,1 tot 2,7% (bijvoorbeeld 0,3% in Roemenië en 2,7% in Colombia). In de totale steekproef werd een hogere prevalentie waargenomen bij vrouwen dan bij mannen (1,3 tegen 0,8%).
