De genitopelvienepijn-/penetratiestoornis komt vaak voor in combinatie met andere seksuele disfuncties, vooral met een afname van seksueel verlangen en seksuele interesse (seksuele-interesse-/opwindingsstoornis bij de vrouw). Soms blijven het verlangen en de interesse wel behouden in situaties zonder pijn, of waarin penetratie niet wordt verwacht. Maar zelfs als vrouwen met een genitopelvienepijn-/penetratiestoornis wel seksuele interesse of motivatie beschrijven, blijkt uit hun gedrag vaak dat ze seksuele situaties, en kansen om hierin terecht te komen, uit de weg gaan. Ook gynaecologisch onderzoek wordt vaak vermeden, ondanks het advies dit wel te ondergaan. Dit vermijdingspatroon is vergelijkbaar met de vermijdingspatronen die bij fobische stoornissen worden gezien. Vrouwen bij wie vaginale penetratie nog nooit gelukt is, melden zich vaak pas voor behandeling op het moment dat ze zwanger willen worden. De genitopelvienepijn-/penetratiestoornis gaat bij veel vrouwen gepaard met relatie- of huwelijksproblemen; ook beschrijven veel vrouwen dat hun gevoel van vrouwelijkheid sterk verminderd is door deze klachten.
Afgezien van het subtype levenslang/verworven moeten tijdens de diagnostiek van de genitopelvienepijn-/penetratiestoornis de volgende vijf factoren in ogenschouw worden genomen, omdat ze relevant kunnen zijn voor de etiologie of de behandeling: (1) partnerfactoren (zoals seksuele problemen van de partner; gezondheidstoestand van de partner); (2) relatiefactoren (zoals de reacties van de partner op de pijn, waaronder een (over)bezorgde, negatieve of faciliterende reactie; discrepanties in het verlangen naar seksuele activiteit); (3) factoren van individuele kwetsbaarheid (zoals een negatief lichaamsbeeld; een voorgeschiedenis van seksueel misbruik of emotionele mishandeling), psychiatrische comorbiditeit (bijvoorbeeld depressiviteit of angst) of stressoren (zoals het verlies van een baan; het verlies van een dierbare); (4) culturele of religieuze factoren (bijvoorbeeld remmingen als gevolg van verboden aangaande seksuele activiteit of seksueel genot; attituden tegenover seksualiteit); en (5) somatische factoren die relevant zijn voor de prognose, het beloop of de behandeling. Elk van deze factoren kan bij verschillende vrouwen met deze stoornis een verschillende invloed hebben op de klachten waarmee zij zich aanmelden.