Comorbiditeit tussen de genitopelvienepijn-/penetratiestoornis en andere seksuele moeilijkheden komt algemeen voor. Hetzelfde geldt voor comorbiditeit met relatieproblemen, die meestal in verband staan met een gebrek aan seksuele intimiteit en niet (alleen) met de pijn zelf. Verrassend is dit niet, aangezien het onvermogen om (pijnvrij) gemeenschap te hebben met een gewenste partner en het vermijden van kansen om seks te hebben zowel kunnen bijdragen aan relatieproblemen als het gevolg kunnen zijn van andere seksuele of relatieproblemen. Omdat bekkenbodemklachten deel uitmaken van de classificatie genitopelvienepijn-/penetratiestoornis, is er bij deze stoornis ook een grotere kans op andere stoornissen van de bekkenbodem of de voortplantingsorganen (zoals interstitiële cystitis, obstipatie, vaginale infectie, endometriose, prikkelbaredarmsyndroom). Vrouwen met een genitopelvienepijn-/penetratiestoornis hebben vaak comorbide chronische pijnaandoeningen (bijvoorbeeld fibromyalgie, chronische hoofdpijn), en de prevalentie van deze comorbiditeiten neemt toe met de ernst van de vulvaire pijnsymptomen.
Lesbische vrouwen rapporteren ook genitale en/of onderbuikspijn en penetratieproblemen tijdens seksuele activiteiten; deze symptomen komen bij niet-heteroseksuele vrouwen minder vaak of even vaak voor als bij heteroseksuele vrouwen.