Somatische aandoeningen In veel gevallen wordt bij vrouwen met een genitopelvienepijn-/penetratiestoornis ook een somatische aandoening gediagnosticeerd (zoals lichen sclerosus, endometriose, ontsteking in het kleine bekken (pelvic inflammatory disease, PID), urogenitaal syndroom bij de menopauze). Soms kan behandeling van de somatische aandoening verlichting opleveren van de klachten van de genitopelvienepijn-/penetratiestoornis. Vaak is dit echter niet het geval. Er bestaan geen betrouwbare instrumenten of diagnostische methoden om clinici te helpen bepalen of de somatische aandoening of de genitopelvienepijn-/penetratiestoornis het primaire probleem is. De bijkomende somatische aandoeningen zijn vaak moeilijk te diagnosticeren en te behandelen. Zo kan de toegenomen incidentie van pijn tijdens de gemeenschap na de menopauze soms worden verklaard door vaginale droogheid of irritatie als gevolg van dalende oestrogeenspiegels. Hoe het precies zit met het verband tussen genitale symptomen, oestrogeen en pijn wordt echter nog niet goed begrepen.
Somatisch-symptoomstoornis en verwante stoornissen Sommige vrouwen met een genitopelvienepijn-/penetratiestoornis komen daarnaast ook in aanmerking voor de classificatie somatisch-symptoomstoornis. Aangezien zowel de somatisch-symptoomstoornis en verwante stoornissen als de genitopelvienepijn-/penetratiestoornis nieuwe stoornissen zijn in de DSM-5, is het nog niet duidelijk of beide stoornissen betrouwbaar van elkaar kunnen worden onderscheiden. Sommige vrouwen met de classificatie genitopelvienepijn-/penetratiestoornis hebben daarnaast ook een specifieke fobie.
Inadequate seksuele stimulatie Het is belangrijk dat de clinicus tijdens het overwegen van differentiële diagnoses nagaat of er in de seksuele ervaringen van de vrouw sprake is van adequate seksuele stimuli. Seksuele situaties met te weinig voorspel of opwinding kunnen leiden tot moeilijkheden met de penetratie, en tot pijn of vermijding. De erectiestoornis en de voortijdige ejaculatie bij de man kunnen moeilijkheden met de penetratie veroorzaken. De mogelijke aanwezigheid van deze stoornissen dient zorgvuldig te worden onderzocht. In sommige situaties is de classificatie genitopelvienepijn-/penetratiestoornis niet juist.