Het idiopathische centrale-slaapapneusyndroom moet worden onderscheiden van andere ademhalingsgerelateerde slaapstoornissen, andere slaapstoornissen, en somatische en psychische aandoeningen die slaapfragmentatie, slaperigheid en vermoeidheid veroorzaken. Dit kan onderzocht worden met polysomnografie.
Andere ademhalingsgerelateerde slaapstoornissen en andere slaapstoornissen Het centrale-slaapapneusyndroom is van het obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom te onderscheiden door de aanwezigheid van minstens vijf centrale apneus per uur slaap. Deze stoornissen kunnen naast elkaar voorkomen. Is het aantal centrale respiratoire voorvallen echter meer dan 50% van het totale aantal respiratoire voorvallen, dan is het centrale-slaapapneusyndroom de belangrijkste stoornis.
Cheyne-Stokes-ademhaling kan worden onderscheiden van andere psychische stoornissen, waaronder andere slaapstoornissen, en van andere somatische aandoeningen die slaapfragmentatie, slaperigheid en vermoeidheid veroorzaken, door de aanwezigheid van een predisponerende stoornis (bijvoorbeeld hartfalen of beroerte), en symptomen van en aanwijzingen uit polysomnografie voor een karakteristiek ademhalingspatroon. Met polysomnografische bevindingen van de ademhaling kan de Cheyne-Stokes-ademhaling worden onderscheiden van insomnia door een somatische aandoening. Centrale slaapapneu door periodieke ademhaling op grote hoogte heeft bijvoorbeeld een patroon dat overeenkomt met de Cheyne-Stokesademhaling, maar heeft een kortere doorlooptijd van de cyclus, komt alleen voor op grote hoogte en is niet gerelateerd aan hartfalen.
Een comorbide centrale-slaapapneusyndroom bij het gebruik van opioïden kan worden onderscheiden van andere typen slaapstoornissen door het gebruik van langwerkende opioïde (genees)middelen in samenhang met polysomnografische registraties van centrale-apneuaanvallen en periodieke of een atactische ademhaling. Het kan worden onderscheiden van insomnia door een middel/medicatie door polysomnografische aanwijzingen voor het centrale-slaapapneusyndroom.