Motorische beperkingen door een somatische aandoening Coördinatieproblemen kunnen samenhangen met een visusstoornis en specifieke neurologische stoornissen (zoals cerebrale parese, progressieve laesies van het cerebellum, neuromusculaire stoornissen). In dergelijke gevallen zijn er bij het neurologische onderzoek bijkomende bevindingen.
Verstandelijke-ontwikkelingsstoornis (verstandelijke beperking) Als er een verstandelijke-ontwikkelingsstoornis aanwezig is, kan er sprake zijn van beperkingen in de motorische vaardigheden die samenhangen met de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis. Als de motorische problemen echter ernstiger zijn dan wat gezien de verstandelijke-ontwikkelingsstoornis verwacht mag worden en als aan de criteria voor de coördinatieontwikkelingsstoornis wordt voldaan, kan daarnaast de classificatie coördinatieontwikkelingsstoornis worden toegekend.
Aandachtsdeficiëntie-/hyperactiviteitsstoornis Mensen met ADHD kunnen vallen, zich stoten aan voorwerpen of dingen omstoten. Zorgvuldige observatie in verschillende situaties is nodig om vast te stellen of een gebrek aan motorische competentie te wijten is aan afleidbaarheid en impulsiviteit of aan een coördinatieontwikkelingsstoornis. Als zowel aan de criteria voor ADHD als aan die voor een coördinatieontwikkelingsstoornis wordt voldaan, kunnen beide classificaties worden toegekend.
Autismespectrumstoornis Mensen met een autismespectrumstoornis hebben soms geen belangstelling voor taken waarvoor complexe motorische coördinatievaardigheden nodig zijn, zoals balsporten, wat invloed zal hebben op testprestaties, maar niet de daadwerkelijke motorische vermogens weerspiegelt. Het gebeurt vaak dat een coördinatieontwikkelingsstoornis en een autismespectrumstoornis tegelijk voorkomen. Als aan de criteria voor beide stoornissen is voldaan, kunnen beide classificaties worden toegekend.
Hypermobiliteitssyndroom Mensen met syndromen die overstrekking van de gewrichten veroorzaken (wat uit lichamelijk onderzoek blijkt; vaak gepaard gaand met pijnklachten), kunnen symptomen vertonen die lijken op die van de coördinatieontwikkelingsstoornis.