Het lijkt erop dat schizofrenie driemaal zo veel voorkomt als de schizoaffectieve stoornis. De levenslange prevalentie van de schizoaffectieve stoornis wordt geschat op 0,3% volgens een Fins onderzoek met gebruik van de DSM-IV-criteria, en is hoger bij vrouwen dan bij mannen. Met gebruik van de criteria van de DSM-5 valt te verwachten dat dit percentage lager is, omdat criterium C van de DSM-5 strengere vereisten heeft (criteria voor een stemmingsepisode dienen het grootste deel van de actieve en restfase van de ziekte aanwezig te zijn).
