Vaak zijn er problemen met het beroepsmatige en sociale functioneren, maar dit is (in tegenstelling tot bij schizofrenie) geen definiërend criterium. De schizoaffectieve stoornis gaat gepaard met beperkte sociale contacten en met moeilijkheden met de zelfverzorging, maar de negatieve symptomen kunnen minder ernstig en minder hardnekkig zijn dan bij schizofrenie. Ook anosognosie (gering ziektebesef) komt veel voor bij de schizoaffectieve stoornis, maar dit tekort aan ziektebesef kan minder ernstig en minder pervasief zijn dan bij schizofrenie. Mensen met een schizoaffectieve stoornis kunnen een verhoogd risico hebben op het later ontwikkelen van episoden van een depressieve- of bipolaire-stemmingsstoornis, wanneer de stemmingssymptomen blijven bestaan na de remissie van de symptomen uit criterium A voor schizofrenie. Bijkomende stoornissen gerelateerd aan alcohol of andere middelen zijn ook mogelijk.
Er bestaan geen tests of biologische markers die met zekerheid een schizoaffectieve stoornis kunnen aantonen. Neuropsychologische onderzoeken tonen doorgaans cognitieve deficiënties aan in domeinen als de executieve functies, het verbale geheugen en de informatieverwerking, en deze zijn bij de schizoaffectieve stoornis mogelijk minder uitgesproken dan bij schizofrenie. Een veelvoorkomend kenmerk van de schizoaffectieve stoornis is verlies van grijze massa bij beeldvormend onderzoek van de hersenen, vergelijkbaar met schizofrenie.
