De classificatie schizoaffectieve stoornis is gebaseerd op de vaststelling dat sprake is van een ononderbroken ziekteperiode waarin de betrokkene actieve of restsymptomen van psychotische ziekte blijft vertonen. De classificatie wordt gewoonlijk, maar niet noodzakelijkerwijs, toegekend tijdens de periode van psychotische ziekte. Op enig moment in die periode moet aan criterium A voor schizofrenie worden voldaan. Er hoeft niet te worden voldaan aan de criteria B (sociaal disfunctioneren), C (zes maanden aanwezig) en F (uitsluiting van een autismespectrumstoornis of een communicatiestoornis met begin tijdens de kindertijd) voor schizofrenie. Behalve dat wordt voldaan aan criterium A voor schizofrenie, is er ook sprake van een depressieve of manische stemmingsepisode (criterium A voor de schizoaffectieve stoornis). Aangezien verlies van belangstelling of plezier ook bij schizofrenie algemeen voorkomt, moet er om aan criterium A voor de schizoaffectieve stoornis te voldoen, tijdens de depressieve episode sprake zijn van een pervasieve verlaagde stemming (de aanwezigheid van een opvallend verminderde belangstelling of verminderd plezier volstaat niet). Depressieve of manische episoden zijn het grootste deel van de ziekteduur aanwezig (nadat is voldaan aan criterium A) (criterium C voor de schizoaffectieve stoornis). Om een schizoaffectieve stoornis te onderscheiden van een depressieve- of bipolaire-stemmingsstoornis met psychotische kenmerken, moeten er op enig moment tijdens de gehele duur van de ziekte gedurende minstens twee weken wanen of hallucinaties zijn in afwezigheid van een depressieve of manische stemmingsepisode (criterium B voor de schizoaffectieve stoornis). De symptomen moeten niet kunnen worden toegeschreven aan de effecten van een middel of aan een somatische aandoening (criterium D voor de schizoaffectieve stoornis).
Criterium C voor de schizoaffectieve stoornis specificeert dat stemmingssymptomen die voldoen aan de criteria voor een stemmingsepisode, het grootste deel van de totale duur van de actieve en restfasen van de ziekte aanwezig zijn. Criterium C vereist dat de stemmingssymptomen gedurende het beloop van een psychotische ziekte tijdens het gehele leven worden vastgesteld. Als de stemmingssymptomen slechts een relatief korte periode aanwezig zijn, is de classificatie schizofrenie, niet schizoaffectieve stoornis. Wanneer de clinicus beslist of het beeld van de betrokkene voldoet aan criterium C, dient hij of zij hier de totale duur van de psychotische ziekte bij te betrekken (zowel de actieve als de restsymptomen) en vast te stellen op welke momenten er naast de psychosesymptomen ook duidelijke stemmingssymptomen aanwezig waren (onbehandeld, of behandeling met antidepressieve en/of stemmingsstabiliserende medicatie behoevend). Om dit te kunnen vaststellen, is voldoende informatie over de voorgeschiedenis noodzakelijk, en een klinisch oordeel. Bijvoorbeeld: iemand die een anamnese heeft van vier jaar van actieve en restsymptomen van schizofrenie, ontwikkelt depressieve en manische episoden die bij elkaar opgeteld niet meer dan één jaar van de psychotische ziekte beslaan. Deze presentatie zou dan niet voldoen aan criterium C.
Behalve de vijf symptoomdomeinen die in de classificatiecriteria genoemd zijn, is het heel belangrijk dat ook de symptoomdomeinen cognitie, depressie en manie worden onderzocht, zodat het cruciale onderscheid tussen de diverse schizofreniespectrum- en andere psychotische stoornissen kan worden gemaakt.
