De schizoaffectieve stoornis begint in de meeste gevallen op jongvolwassen leeftijd, hoewel de stoornis op elk moment kan beginnen vanaf de adolescentie tot op late leeftijd. Bij een aanzienlijk aantal mensen bij wie aanvankelijk een andere psychotische ziekte is vastgesteld, wordt later alsnog een schizoaffectieve stoornis vastgesteld, namelijk wanneer het patroon van stemmingsepisoden duidelijker is geworden, terwijl bij anderen, voordat er onafhankelijke psychotische symptomen worden vastgesteld, een stemmingsstoornis wordt geclassificeerd.
Andersom kan bij sommige mensen de classificatie schizoaffectieve stoornis na verloop van tijd worden gewijzigd in een stemmingsstoornis of schizofrenie. Onder de DSM-IV-criteria kwam een classificatiewijziging van de schizoaffectieve stoornis naar schizofrenie vaker voor dan een wijziging naar een stemmingsstoornis. Naar verwachting is dit verschil meer uitgesproken onder de DSM-5-criteria, aangezien criterium C voor de schizoaffectieve stoornis is aangescherpt en vereist dat gedurende het grootste deel van de ziekte aan de criteria voor een stemmingsepisode voldaan is. Onder de DSM-IV-definitie is vereist dat de symptomen die voldoen aan een stemmingsepisode een ‘belangrijk gedeelte van de totale duur’ van de ziekte aanwezig zijn. De prognose voor de schizoaffectieve stoornis is iets gunstiger dan de prognose voor schizofrenie, maar slechter dan de prognose voor stemmingsstoornissen.
Het tijdsverloop van de schizoaffectieve stoornis kan verschillende patronen aannemen. Het volgende is een typisch patroon: iemand heeft voorafgaand aan het begin van een prominent aanwezige depressieve episode twee maanden lang opvallende auditieve hallucinaties en achtervolgingswanen. Vervolgens zijn er vier maanden lang psychosesymptomen plus het volledige beeld van een depressieve episode. Daarna herstelt de betrokkene volledig van de depressieve episode, maar duren de psychosesymptomen nog een maand alvorens ook die verdwijnen. Tijdens deze ziekteperiode voldeden de symptomen van de betrokkene tegelijkertijd aan de criteria voor een depressieve episode en aan criterium A voor schizofrenie, en in diezelfde periode waren er zowel voorafgaand aan als na afloop van de depressieve episode auditieve hallucinaties en wanen. De totale ziekteperiode besloeg ongeveer zeven maanden, met de eerste twee maanden alleen psychosesymptomen, de vier maanden daarna zowel depressieve als psychosesymptomen, en de laatste maand weer alleen psychosesymptomen. In dit geval was de depressieve episode het merendeel van de totale duur van de psychotische stoornis aanwezig, zodat het beeld in aanmerking komt voor een classificatie schizoaffectieve stoornis.
De temporele relatie tussen de stemmingssymptomen en de psychosesymptomen kan in de loop van het leven variëren. Depressieve of manische symptomen kunnen optreden voor het begin van de psychose, tijdens acute psychotische episoden, tijdens restperioden, en na afloop van de psychose. Iemand kan bijvoorbeeld tijdens de prodromale fase van schizofrenie prominent aanwezige stemmingssymptomen vertonen. Dit patroon wijst niet noodzakelijkerwijs op een schizoaffectieve stoornis; voorwaarde daarvoor is immers het gelijktijdig optreden van psychotische en stemmingssymptomen. Voor iemand die symptomen heeft die duidelijk voldoen aan de criteria voor de schizoaffectieve stoornis, maar die als hij of zij langer wordt gevolgd, alleen residuale psychosesymptomen heeft (zoals subklinische psychotische en/of prominent aanwezige negatieve symptomen), kan de classificatie worden veranderd in schizofrenie, aangezien het totale aandeel van de psychotische ziekte vergeleken met de stemmingssymptomen meer op de voorgrond treedt.
De schizoaffectieve stoornis, bipolaire type, komt mogelijk meer voor bij jongvolwassenen, terwijl de schizoaffectieve stoornis, depressieve type, meer bij oudere volwassenen voorkomt.
