Hypertensie, coronaire hartziekte, hartfalen, CVA, diabetes mellitus en verhoogde mortaliteit worden consistent in verband gebracht met het obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom. Risicoschattingen lopen uiteen van 30 tot wel 300% voor een matig tot ernstig obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom. Obstructieve slaapapneu en hart- en vaatziekten hangen sterk met elkaar samen, en als de obstructieve slaapapneu behandeld wordt, vermindert dit de morbiditeit en mortaliteit van hart- en vaatziekten. Etnische en geracialiseerde groepen die geen toegang hebben tot adequate gezondheidszorg, lopen mogelijk een hoger risico op onopgemerkte cardiovasculaire risicofactoren die verband houden met obstructieve slaapapneu. Aanwijzingen voor een pulmonale hypertensie en rechtszijdig hartfalen (bijvoorbeeld cor pulmonale, enkeloedeem, leverstuwing) zijn zeldzaam en duiden, indien aanwezig, op een zeer ernstige aandoening of op gerelateerde hypoventilatie of cardiopulmonale comorbiditeiten. Het obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom kan ook vaker voorkomen in samenhang met een aantal interne of neurologische aandoeningen (bijvoorbeeld een cerebrovasculaire aandoening, de ziekte van Parkinson). Bevindingen van lichamelijk onderzoek kunnen het gelijktijdig voorkomen van dergelijke aandoeningen aantonen.
Ruim een derde van de mensen die voor diagnostiek van het obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom werden doorverwezen, had klachten van depressiviteit, waarbij van ruim 10% de depressiescores overeenkwamen met matige tot ernstige depressiviteit. Er is een correlatie gevonden tussen de ernst van het obstructieve-slaapapneu-/hypopneusyndroom, zoals vastgesteld met de apneu-hypopneu-index, en de ernst van de depressieve symptomen. Deze correlatie kan bij mannen groter zijn dan bij vrouwen.