Afhankelijk van de toedieningsweg kunnen verschillende somatische aandoeningen optreden. Bij intranasale gebruikers ontstaan vaak sinusitis, irritatie, bloeding van de neusslijmvliezen en perforatie van het neustussenschot. Mensen die stimulantia roken hebben een verhoogd risico op luchtwegproblemen (bijvoorbeeld hoesten, bronchitis en longontsteking). Injecteerders hebben priklittekens en ‘sporen’, meestal op de onderarmen. Bij frequent intraveneus injecteren en onveilig seksueel verkeer neemt het risico op een hiv- of hepatitis C-besmetting toe. Ook andere seksueel overdraagbare aandoeningen, hepatitis B, tuberculose en andere longinfecties komen voor. Veelvoorkomend zijn gewichtsafname en ondervoeding.
Pijn op de borst is een veelvoorkomend symptoom van intoxicatie door een stimulantium. Een hartinfarct, hartkloppingen en hartritmestoornissen, plotseling overlijden door adem- of hartstilstand en beroertes zijn allemaal in verband gebracht met stimulantiumgebruik door jonge en verder gezonde mensen. Een klaplong kan ontstaan wanneer rokers Valsalva-achtige manoeuvres uitvoeren zodat de rook beter opgenomen wordt. Cocaïnegebruik gaat samen met onregelmatigheden in de bloedtoevoer via de placenta, abruptio placentae, premature bevalling en geboorte en een verhoogde prevalentie van baby’s met een zeer laag geboortegewicht. Mensen met een stoornis in het gebruik van een stimulantium raken vaker betrokken bij diefstal, prostitutie of het dealen van drugs, om aan drugs of geld voor drugs te komen. Mensen die in drugs handelen hebben vaak traumatisch letsel door gewelddadig gedrag.
Neurocognitieve stoornissen komen veel voor onder gebruikers van methamfetamine en van cocaïne, waaronder stoornissen met betrekking tot de aandacht, impulsiviteit, verbaal leren/geheugen, werkgeheugen en executieve functies. Tijdelijke psychoses en epileptische aanvallen zijn ook gemeld bij chronisch gebruik van cocaïne of methamfetamine, mogelijk samenhangend met het gebruikspatroon of de verergering van reeds bestaande kwetsbaarheden. Amfetaminegebruik kan toxische gevolgen hebben die verband houden met een verhoogde lichaamstemperatuur, en er zijn aanwijzingen dat chronisch gebruik neuro-inflammatie en neurotoxiciteit veroorzaakt in dopaminerge neuronen. Mondgezondheidsklachten ontstaan in de vorm van een ‘meth-mond’, met tandvleesziekte, tandbederf en mondzweren door de toxische effecten van het roken en door het tandenknarsen tijdens intoxicatie. Pulmonale bijwerkingen blijken minder algemeen voor te komen bij amfetamineachtige middelen, omdat deze minder vaak op een dag gerookt worden. Wel gaat methamfetaminegebruik nog steeds gepaard met het risico op pulmonale arteriële hypertensie. Ook wordt de spoedeisende-hulpafdeling relatief vaak bezocht, voor symptomen van stimulantiumgerelateerde psychische stoornissen, letsel, huidinfecties en gebitspathologie. In de Verenigde Staten gaat een classificatie stoornis in het gebruik van een stimulantium gepaard met een verhoging van 20% van de heropnamepercentages na dertig dagen bij de follow-upbeoordeling na een ziekenhuisopname voor ‘elke oorzaak’ (een standaardmaat voor de algemene kwaliteit van de ziekenhuiszorg).