Depressieve- en bipolaire-stemmingsstoornissen De borderline-persoonlijkheidsstoornis komt vaak voor in combinatie met depressieve- of bipolaire-stemmingsstoornissen, en als aan de criteria voor beide wordt voldaan, moeten beide classificaties worden toegekend. Aangezien een episode van een depressieve- of bipolaire-stemmingsstoornis sterk kan lijken op de borderline-persoonlijkheidsstoornis, dient de clinicus ervoor te waken om alleen op grond van dit beeld de extra classificatie borderline-persoonlijkheidsstoornis toe te kennen zonder eerst te hebben onderzocht of het gedragspatroon al op jongere leeftijd is ontstaan en een langdurig beloop heeft.
Separatieangststoornis bij volwassenen De separatieangststoornis en de borderline-persoonlijkheidsstoornis worden beide gekenmerkt door angst voor verlating door geliefden, maar bij de borderline-persoonlijkheidsstoornis staan daarnaast problemen met de identiteit, de zelfsturing, het interpersoonlijke functioneren en de impulsiviteit centraal.
Andere persoonlijkheidsstoornissen Andere persoonlijkheidsstoornissen kunnen worden verward met de borderline-persoonlijkheidsstoornis doordat ze bepaalde kenmerken met elkaar gemeen hebben. Het is dan ook belangrijk om deze stoornissen van elkaar te onderscheiden op grond van hun meest karakteristieke kenmerken. Als iemand echter persoonlijkheidskenmerken heeft die behalve aan de criteria voor de borderline-persoonlijkheidsstoornis ook voldoen aan de criteria voor een of meer andere persoonlijkheidsstoornissen, dan kunnen de classificaties voor al deze stoornissen worden toegekend.
Hoewel ook de histrionische-persoonlijkheidsstoornis kan worden gekenmerkt door aandachtvragend, manipulatief gedrag en snelle wisselingen in de emoties, onderscheidt de borderline-persoonlijkheidsstoornis zich hiervan door het zelfdestructieve gedrag, de verstoringen in hechte relaties als gevolg van boosheid, en de chronische gevoelens van diepe leegte en eenzaamheid. Paranoïde ideeën of illusies kunnen zowel bij de borderline- als bij de schizotypische-persoonlijkheidsstoornis aanwezig zijn, maar deze symptomen zijn bij de borderline-persoonlijkheidsstoornis meer van tijdelijke aard, zijn vaak een reactie op interpersoonlijke gebeurtenissen, en verbeteren vaak na het van buitenaf aanbrengen van structuur. Boze reacties op onbetekenende aanleidingen kunnen ook voorkomen bij de paranoïde- en de narcistische-persoonlijkheidsstoornis, maar deze onderscheiden zich van de borderline-persoonlijkheidsstoornis door de relatieve stabiliteit van het zelfbeeld en het ontbreken van de neiging tot lichamelijk zelfdestructief gedrag, repetitieve impulsiviteit en ingrijpende problemen rond het thema verlating. Manipulatief gedrag is een kenmerk van zowel de antisociale-persoonlijkheidsstoornis als de borderline-persoonlijkheidsstoornis, maar mensen met een antisociale-persoonlijkheidsstoornis zijn manipulatief vanwege persoonlijk gewin, macht of een andere materiële beloning, terwijl manipulatief gedrag bij de borderline-persoonlijkheidsstoornis meer de functie heeft om aandacht te krijgen van verzorgers. Angst voor verlating komt voor bij zowel de afhankelijke-persoonlijkheidsstoornis als de borderline-persoonlijkheidsstoornis, maar de persoon met een borderline-persoonlijkheidsstoornis reageert op verlating met gevoelens van emotionele leegte en boosheid, en door zich eisend op te stellen, terwijl iemand met een afhankelijke-persoonlijkheidsstoornis reageert door nog vleiender en onderdaniger te worden, en de sterke drang heeft op zoek te gaan naar een substituutrelatie om hem of haar zorg en steun te geven. Verder kan de borderline-persoonlijkheidsstoornis worden onderscheiden van de afhankelijke-persoonlijkheidsstoornis door het karakteristieke patroon van instabiele en intense relaties.
Persoonlijkheidsverandering door een somatische aandoening De borderline-persoonlijkheidsstoornis moet worden onderscheiden van een persoonlijkheidsverandering door een somatische aandoening, waarbij de trekken die iemand ontwikkelt een direct fysiologisch gevolg zijn van een somatische aandoening.
Stoornissen in het gebruik van een middel De borderline-persoonlijkheidsstoornis moet verder ook worden onderscheiden van de symptomen die zich kunnen ontwikkelen in samenhang met persisterend middelengebruik.
Identiteitsproblemen De borderline-persoonlijkheidsstoornis moet worden onderscheiden van een identiteitsprobleem, hetgeen is gereserveerd voor identiteitskwesties die behoren tot een ontwikkelingsfase (zoals de adolescentie) en niet als een psychische stoornis worden beschouwd. Adolescenten en jongvolwassenen met identiteitsproblemen (vooral in combinatie met middelengebruik) kunnen voorbijgaand gedrag vertonen waarmee ten onrechte de indruk wordt gewekt dat er sprake is van een borderline-persoonlijkheidsstoornis. Dergelijke situaties worden gekenmerkt door emotionele instabiliteit, ‘existentiële’ dilemma’s, onzekerheid, keuzes die angst veroorzaken, conflicten over de seksuele geaardheid, en sociale druk — vanuit uiteenlopende hoeken en in tegenstrijdige richtingen — om een beslissing over de carrière te nemen.