Bij de differentiële diagnostiek moet rekening worden gehouden met: blootstelling van de moeder aan andere middelen in de prenatale periode; slechte prenatale zorg; de fysiologische effecten van het postnatale gebruik van een middel, zoals een geneesmiddel, alcohol of andere middelen; stoornissen door een somatische aandoening, zoals traumatisch hersenletsel; andere neurocognitieve stoornissen (bijvoorbeeld delirium, uitgebreide neurocognitieve stoornis (dementie)); en verwaarlozing door de directe omgeving.
Genetische aandoeningen, zoals het syndroom van Williams, het downsyndroom of het syndroom van Cornelia de Lange, en andere teratogene aandoeningen, zoals het foetaal hydantoïnesyndroom en maternale fenylketonurie, geven soms soortgelijke lichamelijke en gedragskenmerken. Om het teratogene agens vast te stellen, is een zorgvuldige beoordeling van de voorgeschiedenis van prenatale blootstelling noodzakelijk, en mogelijk ook een beoordeling door een klinisch geneticus die de lichamelijke kenmerken kan onderscheiden die samenhangen met dergelijke en andere genetische aandoeningen.
