Bij meer dan 90% van de mensen met een voorgeschiedenis van significante prenatale blootstelling aan alcohol is een aantasting van de geestelijke gezondheid vastgesteld. De meest voorkomende bijkomende classificatie is de aandachtsdeficiëntie-/hyperactiviteitsstoornis, maar uit onderzoek is wel gebleken dat mensen met NCS-PBA andere neuropsychologische afwijkingen hebben en een andere respons op de farmacologische behandelingen. Andere bijkomende stoornissen zijn zeer waarschijnlijk onder andere de oppositionele-opstandige stoornis en de normoverschrijdend-gedragsstoornis, maar de juistheid van deze classificaties moet worden afgewogen binnen de context van de significante beperkingen in het algemene intellectuele vermogen en de executieve functies die vaak horen bij de prenatale blootstelling aan alcohol. Stemmingssymptomen, waaronder symptomen van bipolaire- en depressieve-stemmingsstoornissen, zijn ook beschreven. Een voorgeschiedenis met prenatale blootstelling aan alcohol gaat samen met een verhoogde kans op een stoornis in het gebruik van alcohol of tabak of andere stoornissen in het gebruik van een middel.