Het beloop is aanhoudend en heeft bij sommige betrokkenen periodieke exacerbaties tijdens de gehele volwassenheid. De leeftijd waarop de stoornis begint is variabel, maar de symptomen beginnen meestal in de adolescentiefase en de vroege volwassenheid en houden een aantal maanden tot jaren aan voor de aandoening wordt vastgesteld. De ernst kan met de leeftijd afnemen. Een recidief van symptomen komt vaak voor.
De klinische expressie kan in de loop van het leven variëren, afhankelijk van sociale, schoolse en beroepsmatige verplichtingen. Een exacerbatie wordt meestal uitgelokt door een verandering in werk- of schooltijden waardoor de betrokkene op een vroeger tijdstip moet opstaan. Bij mensen die hun werktijden kunnen aanpassen aan de uitgestelde circadiane slaap- en waaktijden, kan een remissie van
de symptomen voorkomen.
Een verhoogde prevalentie in de adolescentiefase kan worden veroorzaakt door zowel fysiologische factoren als gedrag. Omdat de verlate slaapfase samenhangt met het begin van de puberteit, zijn waarschijnlijk vooral hormonale veranderingen hierbij betrokken. Daarom moet er bij adolescenten een onderscheid worden gemaakt tussen het type verlate slaapfase en het uitstel van de timing van de circadiane ritmes dat vaak voorkomt bij deze leeftijdscategorie. Bij de familiaire vorm is er een aanhoudend beloop, en er zal bij het ouder worden waarschijnlijk geen grote verbetering in het beloop optreden.
