De classificatie encopresis is gebaseerd op de anamnese en het lichamelijk onderzoek en behoeft doorgaans geen diagnostische onderzoeken. Wanneer bij het rectaal toucher fecale impactie wordt vastgesteld, kan dit de classificatie encopresis met obstipatie en overloopincontinentie bevestigen. Hoewel dit voor de classificatie encopresis niet is geïndiceerd, kan een radiografisch buikonderzoek waarbij fecale impactie wordt vastgesteld eveneens de classificatie encopresis met obstipatie en overloopincontinentie ondersteunen. Een meting van de darmpassage waarbij radiopake markers worden ingeslikt, gevolgd door abdominaal beeldvormend onderzoek om de darmpassagetijd te beoordelen, kan de differentiatie tussen encopresis met of zonder obstipatie en overloopincontinentie vergemakkelijken. Abdominaal beeldvormend onderzoek met retentie van radiopake markers zou wijzen op encopresis met obstipatie en overloopincontinentie; een onmiddellijke darmlediging van radiopake markers zou de classificatie encopresis zonder obstipatie en overloopincontinentie ondersteunen. Bij sommige kinderen zou anorectale manometrie meer inzicht kunnen geven in de fysiologische factoren die een bijdrage leveren aan de encopresis. Bij anorectale manometrie kunnen de anorectale functie en gevoeligheid worden beoordeeld. Bij kinderen met hardnekkige klachten of bevindingen die wijzen op de aanwezigheid van een onderliggende somatische aandoening die incontinentie voor ontlasting tot gevolg heeft, kan nader onderzoek geïndiceerd zijn. Bij een dergelijk onderzoek kunnen somatische aandoeningen worden uitgesloten.
