Hoewel er onvoldoende informatie is om de functionele gevolgen van de stoornis in het gebruik van een hallucinogeen duidelijk vast te stellen, zijn er wel complicaties van het gebruik van deze stoffen vastgesteld. Bijwerkingen van hallucinogeengebruik zijn onder andere de effecten die verband houden met intoxicatie, zoals hyperthermie, tachyaritmie, pneumothorax, hypernatriëmie, motorische coördinatiestoornissen, nystagmus, rusteloosheid, hallucinaties/wanen, mydriasis, verhoogde waakzaamheid en verhoogde bloeddruk. Andere, ernstigere reacties die verband houden met de gevolgen van herhaald gebruik van hallucinogenen zijn nierfalen, leverfalen, insulten, herseninfarct, rabdomyolyse, cardiale complicaties en hepatotoxiciteit.
Er zijn aanwijzingen dat het persisterend gebruik van ecstasy/MDMA neurotoxische effecten heeft, waaronder beperkingen in het geheugen en in het psychische en neuro-endocriene functioneren; een disfunctie van het centrale serotonerge systeem; slaapstoornissen; en ongunstige effecten op de microvasculatuur van de hersenen, de rijping van de substantia alba (witte hersenstof) en beschadiging van de axonen.
