Een intoxicatie door een hallucinogeen kan ernstige gevolgen hebben. De perceptie- en oordeelsstoornissen die gepaard gaan met een intoxicatie door een hallucinogeen kunnen tot al dan niet fataal letsel leiden door een auto-ongeluk, een vechtpartij of onbedoelde zelfverwonding (bijvoorbeeld snijwonden of vallen door verstoorde dieptewaarneming). Wanneer hallucinogenen worden ingenomen in combinatie met andere drugs (waaronder alcohol), kan coma optreden, waarbij de duur en de ernst van het coma groter zijn dan bij inname van hallucinogenen alleen. Er is een verband tussen het aanhoudend gebruik van hallucinogenen, vooral MDMA, en het optreden van neurotoxische effecten. Bijwerkingen van hallucinogeengebruik zijn hyperthermie, tachyaritmie, pneumothorax, hypernatriëmie, motorische coördinatiestoornissen, nystagmus, rusteloosheid, hallucinaties/wanen, mydriasis, verhoogde waakzaamheid en verhoogde bloeddruk. Ernstigere reacties zijn nierfalen, leverfalen, insulten, herseninfarct, rabdomyolyse, cardiale complicaties en hepatotoxiciteit.
