Intoxicatie door een ander middel Er moet onderscheid worden gemaakt tussen intoxicatie door een hallucinogeen en intoxicatie door amfetamineachtige middelen, cocaïne of andere stimulantia, anticholinergica, inhalantia en fencyclidine. Om dit onderscheid te kunnen maken, kan een toxicologisch onderzoek uitkomst bieden, evenals het bepalen van op welke wijze het middel werd ingenomen.
Andere aandoeningen Andere stoornissen en aandoeningen waaraan gedacht kan worden, zijn schizofrenie, de depressieve stoornis, onttrekkingssyndromen van andere middelen (alcohol), bepaalde stofwisselingsziekten (bijvoorbeeld hypoglykemie), epilepsie, een tumor in het centrale zenuwstelsel en een cerebrovasculair accident.
Persisterende perceptiestoornis door een hallucinogeen Een persisterende perceptiestoornis door een hallucinogeen onderscheidt zich van een intoxicatie door een hallucinogeen doordat de symptomen, episodisch of voortdurend, wekenlang (of langer) na de meest recente intoxicatie aanhouden.
Psychische stoornissen door een hallucinogeen Een intoxicatie door een hallucinogeen is te onderscheiden van door een hallucinogeen veroorzaakte psychische stoornissen (zoals een angststoornis door een hallucinogeen, met begin tijdens intoxicatie) doordat de symptomen (bijvoorbeeld angst) van de laatstgenoemde stoornissen zich doorgaans boven op de gebruikelijke symptomen van intoxicatie door een hallucinogeen voordoen, het klinische beeld bepalen en ernstig genoeg zijn om afzonderlijke aandacht te rechtvaardigen.