Somatische aandoening of letsel en/of behandeling daarvoor Een belangrijke diagnostische uitdaging is de differentiatie tussen een vertraagde ejaculatie die volledig wordt verklaard door een somatische aandoening of letsel (of de behandeling daarvoor), en een vertraagde ejaculatie die toegeschreven kan worden aan verhoudingsgewijs verschillende biomedische, psychosociale en culturele factoren die bepalend zijn voor de klacht(en). Enkele somatische aandoeningen of letsels kunnen, evenals de behandeling daarvan, vertragingen in de ejaculatie veroorzaken, los van psychosociale of culturele problemen.
De vertraagde ejaculatie moet worden onderscheiden van een aantal urologische aandoeningen (met name andere ejaculatiestoornissen), waaronder retrograde ejaculatie of anejaculatie — die meestal het gevolg is van hormonale of neurologische etiologieën — en/of anatomische afwijkingen, waaronder obstructie van het ejaculatiekanaal en andere urologische aandoeningen.
Gebruik van een middel/medicatie Een aantal farmacologische stoffen kan ejaculatieproblemen veroorzaken. Voorbeelden zijn antidepressiva, antipsychotica, en alfa1-blokkerende sympathicolytica, alcohol en opioïden. In dergelijke gevallen moet in plaats van de classificatie vertraagde ejaculatie de classificatie seksuele disfunctie door een middel/medicatie toegekend worden.
Disfunctie van het orgasme Het is van belang om door middel van de anamnese vast te stellen waarop de klacht vooral betrekking heeft: gaat het om de vertraagde ejaculatie op zichzelf, om de sensatie van het orgasme, of om beide? Ejaculatie vindt plaats in de genitaliën, en de ervaring van een orgasme beschouwt men als voornamelijk subjectief. Een ejaculatie en een orgasme treden gewoonlijk samen op, maar dit is niet altijd het geval. Een man met een normaal ejaculatiepatroon kan bijvoorbeeld een verminderd genot ervaren (anhedonische ejaculatie). Deze klacht wordt niet gecodeerd als vertraagde ejaculatie, maar als een andere gespecificeerde seksuele disfunctie of als een ongespecificeerde seksuele disfunctie.