Het is belangrijk om bijwerkingen van medicatie en andere oorzaken van dystonie van elkaar te onderscheiden, vooral bij mensen die worden behandeld met antipsychotica of andere dopamineantagonisten. Het tijdsbeloop en de ontwikkeling van de dystone verschijnselen (bijvoorbeeld wanneer dystonie aan de blootstelling aan het antipsychoticum voorafgaat of voortduurt zonder dat de medicatie is gewijzigd), en mogelijk andere aanwijzingen van focale neurologische verschijnselen, kunnen duiden op een onafhankelijke neurologische of andere somatische aandoening. Idiopathische focale of gesegmenteerde dystonie houdt doorgaans, onafhankelijk van de medicatie, enkele dagen tot weken aan. Ook kan er sprake zijn van dystonie in de familieanamnese. Een secundair aan blootstelling aan medicatie optredende tardieve dystonie heeft, ook als het antipsychotica of andere dopamineantagonisten betreft, geen acuut begin en wordt mogelijk pas evident wanneer de dosis van het antipsychotische middel is verlaagd. Andere neurologische aandoeningen (bijvoorbeeld epileptische insulten, virale en bacteriële infecties, trauma, ruimte-innemende processen in het perifere of centrale zenuwstelsel) en endocrinopathieën (zoals hypoparathyreoïdie) kunnen eveneens tot klachten (bijvoorbeeld tetanie) leiden die op acute dystonie door medicatie lijken. Andere stoornissen die lijken op acute dystonie door medicatie zijn anafylaxie, tardieve laryngeale dystonie en respiratoire dyskinesie. Het maligne neurolepticasyndroom kan dystonie veroorzaken, maar is anders omdat dit ook met koorts en gegeneraliseerde rigiditeit gepaard gaat.
Katatonie bij een stemmingsstoornis of schizofrenie is te herkennen aan de temporele relatie tussen de symptomen en de blootstelling aan het antipsychotische middel (bijvoorbeeld dystonie voorafgaand aan blootstelling aan antipsychotica) en aan de respons op farmacologische interventies (bijvoorbeeld geen verbetering na het verlagen van de dosis van de antipsychotica of de toediening van middelen met anticholinerge werking). Bovendien verkeren mensen met acute dystonie door medicatie meestal in nood door de dystone reactie en zoeken zij hulp. Dit in tegenstelling tot mensen met het vertraagde type van katatonie, die meestal mutistisch en teruggetrokken zijn en die vaak niet uiten dat zij lijdensdruk ervaren.
