Aandoeningen als schizofrenie, effecten van andere drugs, neurodegeneratieve ziekten, beroerte, een hersentumor, infectie en schedeltrauma dienen te worden uitgesloten. Beeldvormend onderzoek van de hersenen is bij een persisterende perceptiestoornis door een hallucinogeen meestal negatief. Zoals eerder werd vermeld, blijft het realiteitsbesef intact (de betrokkene is zich ervan bewust dat de stoornis verband houdt met het effect van de drug); indien dit niet het geval is zou een andere stoornis (bijvoorbeeld een psychotische stoornis of een somatische aandoening) de abnormale percepties beter kunnen verklaren.
