De grootste moeilijkheid bij het beoordelen van seksuele disfuncties van zowel mannen als vrouwen is dat er geen algemeen aanvaarde richtlijnen zijn om te bepalen wat nog ‘normaal’ seksueel functioneren is. Waar die grens voor normaal seksueel functioneren ligt, hangt af van de leeftijd van de man en zijn seksuele ervaring, de beschikbaarheid van partners en de vraag of het een nieuwe partner betreft, en de verwachtingen en standaardkenmerken van de culturele, etnische of religieuze groep waartoe de man behoort. Om met succes seksueel opgewonden te raken en een orgasme te bereiken, is een niveau van seksuele stimulatie vereist met voldoende focus, intensiteit en duur. Een classificatie erectiestoornis of vertraagde-ejaculatiestoornis vereist dan ook een klinisch oordeel dat de man adequate stimulatie heeft ervaren. Het af en toe voorkomen van seksueel disfunctioneren is bovendien iets wat hoort bij de menselijke seksualiteit en is geen aanwijzing voor een stoornis, tenzij er sprake is van aanhoudend (d.w.z. minstens zes maanden) of recidiverend disfunctioneren, en de disfunctie leidt tot een duidelijke lijdensdruk of interpersoonlijke moeilijkheden.
Als u heeft geoordeeld dat de seksuele disfunctie klinisch significant is, is de volgende taak het vaststellen van de onderliggende oorzaken. Mogelijke oorzaken zijn psychologische factoren, somatische aandoeningen, bijwerkingen van vele voorgeschreven geneesmiddelen, en de gevolgen van drugsmisbruik. Aangezien er vaker wel dan niet meerdere oorzaken zijn die bijdragen aan de seksuele disfunctie, kan dit lastig zijn om vast te stellen. Zo is het bijvoorbeeld geen uitzondering dat iemand die als gevolg van een somatische aandoening (bijvoorbeeld vaatproblemen) een lichte vorm van erectiedisfunctie ontwikkelt als een psychisch gevolg daarvan ook andere seksuele disfuncties ontwikkelt (bijvoorbeeld een gering verlangen). Voordat u besluit dat een seksuele disfunctie volledig door psychische factoren wordt veroorzaakt, moet u de mogelijke bijdragen van een somatische aandoening of een middel (of medicatie) overwegen, wat vooral van belang is omdat deze oorzaken vaak gevolgen hebben voor de behandeling (bijvoorbeeld stoppen met de medicatie die de boosdoener is). Verder moet u niet uit het oog verliezen dat het vinden van een specifieke somatische aandoening, medicatie, of drugsmisbruik niet betekent dat psychische factoren geen belangrijke bijdrage leveren aan het ontstaan van de seksuele disfunctie.
Seksuele problemen zijn verder vaak een bijkomend kenmerk van een aantal andere psychische stoornissen (bijvoorbeeld depressieve-stemmingsstoornissen, angststoornissen, schizofreniespectrum- en andere psychotische stoornissen). Als de seksuele problemen beter worden verklaard door de andere psychische stoornis, wordt geen extra classificatie van een seksuele disfunctie toegekend. Voor gering seksueel verlangen dat alleen speelt tijdens een depressieve episode zou dan geen classificatie hypoactief-seksueelverlangenstoornis bij de man worden toegekend. Beide classificaties kunnen alleen worden toegekend als het geringe seksuele verlangen wordt beschouwd als losstaand van de depressieve stoornis (d.w.z. het was al aanwezig voordat de depressieve episode begon of het houdt aan nadat de depressie is verdwenen). Vergelijkbaar geldt dat een seksuele disfunctie die beter wordt verklaard als een gevolg van ernstige relatieproblemen eerder als een relatieprobleem dan als een seksuele disfunctie moet worden beschouwd, tenzij kan worden onderbouwd dat de seksuele disfunctie onafhankelijk van het relatieprobleem is opgetreden.
De meest voorkomende seksuele disfuncties van mannen zijn gerangschikt op basis van het moment in de seksuele-responscyclus waarop het probleem zich voordoet. De hypoactief-seksueelverlangenstoornis heeft betrekking op de eerste fase, het seksuele verlangen. De erectiestoornis heeft betrekking op de tweede fase, de seksuele opwinding. Vertraagde ejaculatie en voortijdige ejaculatie verwijzen naar problemen die optreden tijdens de derde fase, het orgasme. Regelmatig zijn er problemen in meer dan één fase van de seksuele-responscyclus. Aangezien de fasen in de seksuele-responscyclus elkaar opvolgen, is succesvol functioneren in de ene fase meestal alleen mogelijk bij succesvol functioneren in de voorgaande fasen (een orgasme vereist bijvoorbeeld een zekere mate van opwinding, en daarvoor is weer een zekere mate van verlangen vereist). Maar door het anticiperen van herhaling van problemen in een latere fase (bijvoorbeeld moeite met ejaculeren) ontstaan vaak ook weer problemen in een eerdere fase (met bijvoorbeeld een erectiedisfunctie of gering seksueel verlangen als gevolg).